Research Output 2004 2017

  • 30212 Citations
  • 40 h-Index
  • 53 Article
  • 3 Comment/debate
  • 1 Chapter
  • 1 Review article
Filter
Article
2017
1 Citations

Age at diagnosis, obesity, smoking, and molecular subtypes in muscle-invasive bladder cancer

Sun, X., Hoadley, K. A., Kim, W. Y., Furberg, H., Olshan, A. F. & Troester, M. A. Jun 1 2017 In : Cancer Causes and Control. 28, 6, p. 539-544 6 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Urinary Bladder Neoplasms
Obesity
Smoking
Muscles
Genome
2016
27 Citations
Neoplasms
B-Lymphocytes
Confidence Intervals
Survival
Melanoma
52 Citations

Molecular heterogeneity and response to neoadjuvant human epidermal growth factor receptor 2 targeting in CALGB 40601, a randomized phase III trial of paclitaxel plus trastuzumab with or without lapatinib

Carey, L. A., Berry, D. A., Cirrincione, C. T., Barry, W. T., Pitcher, B. N., Harris, L. N., Ollila, D. W., Krop, I. E., Henry, N. L., Weckstein, D. J., Anders, C. K., Singh, B., Hoadley, K. A., Iglesia, M., Cheang, M. C. U., Perou, C. M., Winer, E. P. & Hudis, C. A. Feb 20 2016 In : Journal of Clinical Oncology. 34, 6, p. 542-549 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Paclitaxel
human ERBB2 protein
Trastuzumab
lapatinib
Therapeutics
2015
434 Citations

Comprehensive, integrative genomic analysis of diffuse lower-grade gliomas

Brat, D. J. , Verhaak, R. G. W. , Aldape, K. D. , Yung, W. K. A. , Salama, S. R. , Cooper, L. A. D. , Rheinbay, E. , Miller, C. R. , Vitucci, M. , Morozova, O. , Robertson, A. G. , Noushmehr, H. , Laird, P. W. , Cherniack, A. D. , Akbani, R. , Huse, J. T. , Ciriello, G. , Poisson, L. M. , Barnholtz-Sloan, J. S. , Berger, M. S. & 287 others Brennan, C., Colen, R. R., Colman, H., Flanders, A. E., Giannini, C., Grifford, M., Iavarone, A., Jain, R., Joseph, I., Kim, J., Kasaian, K., Mikkelsen, T., Murray, B. A., O'Neill, B. P., Pachter, L., Parsons, D. W., Sougnez, C., Sulman, E. P., Vandenberg, S. R., Van Meir, E. G., Von Deimling, A., Zhang, H., Crain, D., Lau, K., Mallery, D., Morris, S., Paulauskis, J., Penny, R., Shelton, T., Sherman, M., Yena, P., Black, A., Bowen, J., Dicostanzo, K., Gastier-Foster, J., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., Pierson, C. R., Ramirez, N. C., Taylor, C., Weaver, S., Wise, L., Zmuda, E., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Ferguson, M. L., Hutter, C. M., Shaw, K. R. M., Ozenberger, B. A., Sheth, M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Ayala, B., Baboud, J., Chudamani, S., Jensen, M. A., Liu, J., Pihl, T., Raman, R., Wan, Y., Wu, Y., Ally, A., Auman, J. T., Balasundaram, M., Balu, S., Baylin, S. B., Beroukhim, R., Bootwalla, M. S., Bowlby, R., Bristow, C. A., Brooks, D., Butterfield, Y., Carlsen, R., Carter, S., Chin, L., Chu, A., Chuah, E., Cibulskis, K., Clarke, A., Coetzee, S. G., Dhalla, N., Fennell, T., Fisher, S., Gabriel, S., Getz, G., Gibbs, R., Guin, R., Hadjipanayis, A., Hayes, D. N., Hinoue, T., Hoadley, K., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Jefferys, S. R., Jones, S., Jones, C. D., Kucherlapati, R., Lai, P. H., Lander, E., Lee, S., Lichtenstein, L., Ma, Y., Maglinte, D. T., Mahadeshwar, H. S., Marra, M. A., Mayo, M., Meng, S., Meyerson, M. L., Mieczkowski, P. A., Moore, R. A., Mose, L. E., Mungall, A. J., Pantazi, A., Parfenov, M., Park, P. J., Parker, J. S., Perou, C. M., Protopopov, A., Ren, X., Roach, J., Sabedot, T. S., Schein, J., Schumacher, S. E., Seidman, J. G., Seth, S., Shen, H., Simons, J. V., Sipahimalani, P., Soloway, M. G., Song, X., Sun, H., Tabak, B., Tam, A., Tan, D., Tang, J., Thiessen, N., Triche, T., Van Den Berg, D. J., Veluvolu, U., Waring, S., Weisenberger, D. J., Wilkerson, M. D., Wong, T., Wu, J., Xi, L., Xu, A. W., Yang, L., Zack, T. I., Zhang, J., Aksoy, B. A., Arachchi, H., Benz, C., Bernard, B., Carlin, D., Cho, J., DiCara, D., Frazer, S., Fuller, G. N., Gao, J. J., Gehlenborg, N., Haussler, D., Heiman, D. I., Iype, L., Jacobsen, A., Ju, Z., Katzman, S., Kim, H., Knijnenburg, T., Kreisberg, R. B., Lawrence, M. S., Lee, W., Leinonen, K., Lin, P., Ling, S., Liu, W., Liu, Y., Liu, Y., Lu, Y., Mills, G., Ng, S., Noble, M. S., Paull, E., Rao, A., Reynolds, S., Saksena, G., Sanborn, Z., Sander, C., Schultz, N., Senbabaoglu, Y., Shen, R., Shmulevich, I., Sinha, R., Stuart, J., Sumer, S. O., Sun, Y., Tasman, N., Taylor, B. S., Voet, D., Weinhold, N., Weinstein, J. N., Yang, D., Yoshihara, K., Zheng, S., Zhang, W., Zou, L., Abel, T., Sadeghi, S., Cohen, M. L., Eschbacher, J., Hattab, E. M., Raghunathan, A., Schniederjan, M. J., Aziz, D., Barnett, G., Barrett, W., Bigner, D. D., Boice, L., Brewer, C., Calatozzolo, C., Campos, B., Carlotti, C. G., Chan, T. A., Cuppini, L., Curley, E., Cuzzubbo, S., Devine, K., DiMeco, F., Duell, R., Elder, J. B., Fehrenbach, A., Finocchiaro, G., Friedman, W., Fulop, J., Gardner, J., Hermes, B., Herold-Mende, C., Jungk, C., Kendler, A., Lehman, N. L., Lipp, E., Liu, O., Mandt, R., McGraw, M., Mclendon, R., McPherson, C., Neder, L., Nguyen, P., Noss, A., Nunziata, R., Ostrom, Q. T., Palmer, C., Perin, A., Pollo, B., Potapov, A., Potapova, O., Rathmell, W. K., Rotin, D., Scarpace, L., Schilero, C., Senecal, K., Shimmel, K., Shurkhay, V., Sifri, S., Singh, R., Sloan, A. E., Smolenski, K., Staugaitis, S. M., Steele, R., Thorne, L., Tirapelli, D. P. C., Unterberg, A., Vallurupalli, M., Wang, Y., Warnick, R., Williams, F., Wolinsky, Y., Bell, S., Rosenberg, M., Stewart, C., Huang, F., Grimsby, J. L., Radenbaugh, A. J. & Zhang, J. Jun 25 2015 In : New England Journal of Medicine. 372, 26, p. 2481-2498 18 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioma
Mutation
Glioblastoma
DNA Methylation
Exome
646 Citations

Comprehensive genomic characterization of head and neck squamous cell carcinomas

Lawrence, M. S. , Sougnez, C. , Lichtenstein, L. , Cibulskis, K. , Lander, E. , Gabriel, S. B. , Getz, G. , Ally, A. , Balasundaram, M. , Birol, I. , Bowlby, R. , Brooks, D. , Butterfield, Y. S. N. , Carlsen, R. , Cheng, D. , Chu, A. , Dhalla, N. , Guin, R. , Holt, R. A. , Jones, S. J. M. & 291 others Lee, D., Li, H. I., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Robertson, A. G., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Thiessen, N., Wong, T., Protopopov, A., Santoso, N., Lee, S., Parfenov, M., Zhang, J., Mahadeshwar, H. S., Tang, J., Ren, X., Seth, S., Haseley, P., Zeng, D., Yang, L., Xu, A. W., Song, X., Pantazi, A., Bristow, C. A., Hadjipanayis, A., Seidman, J., Chin, L., Park, P. J., Kucherlapati, R., Akbani, R., Casasent, T., Liu, W., Lu, Y., Mills, G., Motter, T., Weinstein, J., Diao, L., Wang, J., Hong Fan, Y., Liu, J., Wang, K., Auman, J. T., Balu, S., Bodenheimer, T., Buda, E., Hayes, D. N., Hoadley, K. A., Hoyle, A. P., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Kimes, P. K., Liu, Y., Marron, J. S., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Mose, L. E., Parker, J. S., Perou, C. M., Prins, J. F., Roach, J., Shi, Y., Simons, J. V., Singh, D., Soloway, M. G., Tan, D., Veluvolu, U., Walter, V., Waring, S., Wilkerson, M. D., Wu, J., Zhao, N., Cherniack, A. D., Hammerman, P. S., Tward, A. D., Pedamallu, C. S., Saksena, G., Jung, J., Ojesina, A. I., Carter, S. L., Zack, T. I., Schumacher, S. E., Beroukhim, R., Freeman, S. S., Meyerson, M., Cho, J., Noble, M. S., DiCara, D., Zhang, H., Heiman, D. I., Gehlenborg, N., Voet, D., Lin, P., Frazer, S., Stojanov, P., Liu, Y., Zou, L., Kim, J., Muzny, D., Doddapaneni, H. V., Kovar, C., Reid, J., Morton, D., Han, Y., Hale, W., Chao, H., Chang, K., Drummond, J. A., Gibbs, R. A., Kakkar, N., Wheeler, D., Xi, L., Ciriello, G., Ladanyi, M., Lee, W., Ramirez, R., Sander, C., Shen, R., Sinha, R., Weinhold, N., Taylor, B. S., Aksoy, B. A., Dresdner, G., Gao, J., Gross, B., Jacobsen, A., Reva, B., Schultz, N., Sumer, S. O., Sun, Y., Chan, T. A., Morris, L. G., Stuart, J., Benz, S., Ng, S., Benz, C., Yau, C., Baylin, S. B., Cope, L., Danilova, L., Herman, J. G., Bootwalla, M., Maglinte, D. T., Laird, P. W., Triche, T., Weisenberger, D. J., Van Den Berg, D. J., Agrawal, N., Bishop, J., Boutros, P. C., Bruce, J. P., Byers, L. A., Califano, J., Carey, T. E., Chen, Z., Cheng, H., Chiosea, S. I., Cohen, E., Diergaarde, B., Egloff, A. M., El-Naggar, A. K., Ferris, R. L., Frederick, M. J., Grandis, J. R., Guo, Y., Haddad, R. I., Harris, T., Hui, A. B. Y., Lee, J. J., Lippman, S. M., Liu, F. F., McHugh, J. B., Myers, J., Ng, P. K. S., Perez-Ordonez, B., Pickering, C. R., Prystowsky, M., Romkes, M., Saleh, A. D., Sartor, M. A., Seethala, R., Seiwert, T. Y., Si, H., Van Waes, C., Waggott, D. M., Wiznerowicz, M., Yarbrough, W. G., Zhang, J., Zuo, Z., Burnett, K., Crain, D., Gardner, J., Lau, K., Mallery, D., Morris, S., Paulauskis, J., Penny, R., Shelton, C., Shelton, T., Sherman, M., Yena, P., Black, A. D., Bowen, J., Frick, J., Gastier-Foster, J. M., Harper, H. A., Leraas, K., Lichtenberg, T. M., Ramirez, N. C., Wise, L., Zmuda, E., Baboud, J., Jensen, M. A., Kahn, A. B., Pihl, T. D., Pot, D. A., Srinivasan, D., Walton, J. S., Wan, Y., Burton, R. A., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Ferguson, M. L., Mills Shaw, K. R., Ozenberger, B. A., Sheth, M., Sofia, H. J., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Zenklusen, J. C., Saller, C., Tarvin, K., Chen, C., Bollag, R., Weinberger, P., Golusiński, W., Golusiński, P., Ibbs, M., Korski, K., Mackiewicz, A., Suchorska, W., Szybiak, B., Curley, E., Beard, C., Mitchell, C., Sandusky, G., Ahn, J., Khan, Z., Irish, J., Waldron, J., William, W. N., Egea, S., Gomez-Fernandez, C., Herbert, L., Bradford, C. R., Chepeha, D. B., Haddad, A. S., Jones, T. R., Komarck, C. M., Malakh, M., Moyer, J. S., Nguyen, A., Peterson, L. A., Prince, M. E., Rozek, L. S., Taylor, E. G., Walline, H. M., Wolf, G. T., Boice, L., Chera, B. S., Funkhouser, W. K., Gulley, M. L., Hackman, T. G., Hayward, M. C., Huang, M., Rathmell, W. K., Salazar, A. H., Shockley, W. W., Shores, C. G., Thorne, L., Weissler, M. C., Wrenn, S., Zanation, A. M., Brown, B. T., Pham, M. & The Cancer Genome Atlas Network Jan 29 2015 In : Nature. 517, 7536, p. 576-582 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Mutation
Neoplasms
Carcinoma, squamous cell of head and neck
TNF Receptor-Associated Factor 3
cdc Genes
234 Citations

Comprehensive Molecular Portraits of Invasive Lobular Breast Cancer

Ciriello, G. , Gatza, M. L. , Beck, A. H. , Wilkerson, M. D. , Rhie, S. K. , Pastore, A. , Zhang, H. , McLellan, M. , Yau, C. , Kandoth, C. , Bowlby, R. , Shen, H. , Hayat, S. , Fieldhouse, R. , Lester, S. C. , Tse, G. M. K. , Factor, R. E. , Collins, L. C. , Allison, K. H. , Chen, Y. Y. & 119 others Jensen, K., Johnson, N. B., Oesterreich, S., Mills, G. B., Cherniack, A. D., Robertson, G., Benz, C., Sander, C., Laird, P. W., Hoadley, K. A., King, T. A., Akbani, R., Auman, J. T., Balasundaram, M., Balu, S., Barr, T., Benz, S., Berrios, M., Beroukhim, R., Bodenheimer, T., Boice, L., Bootwalla, M. S., Bowen, J., Brooks, D., Chin, L., Cho, J., Chudamani, S., Davidsen, T., Demchok, J. A., Dennison, J. B., Ding, L., Felau, I., Ferguson, M. L., Frazer, S., Gabriel, S. B., Gao, J. J., Gastier-Foster, J. M., Gehlenborg, N., Gerken, M., Getz, G., Gibson, W. J., Hayes, D. N., Heiman, D. I., Holbrook, A., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Hu, H., Huang, M., Hutter, C. M., Hwang, E. S., Jefferys, S. R., Jones, S. J. M., Ju, Z., Kim, J., Lai, P. H., Lawrence, M. S., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., Lin, P., Ling, S., Liu, J., Liu, W., Lolla, L., Lu, Y., Ma, Y., Maglinte, D. T., Mardis, E., Marks, J., Marra, M. A., McAllister, C., Meng, S., Meyerson, M., Moore, R. A., Mose, L. E., Mungall, A. J., Murray, B. A., Naresh, R., Noble, M. S., Olopade, O., Parker, J. S., Pihl, T., Saksena, G., Schumacher, S. E., Shaw, K. R. M., Ramirez, N. C., Rathmell, W. K., Roach, J., Robertson, A. G., Schein, J. E., Schultz, N., Sheth, M., Shi, Y., Shih, J., Shelley, C. S., Shriver, C., Simons, J. V., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Sougnez, C., Sun, C., Tarnuzzer, R., Tiezzi, D. G., Van Den Berg, D. J., Voet, D., Wan, Y., Wang, Z., Weinstein, J. N., Weisenberger, D. J., Wilson, R., Wise, L., Wiznerowicz, M., Wu, J., Wu, Y., Yang, L., Zack, T. I., Zenklusen, J. C., Zhang, J., Zmuda, E. & Perou, C. M. Oct 8 2015 In : Cell. 163, 2, p. 506-519 14 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Lobular Carcinoma
Breast Neoplasms
Phosphorylation
Cadherins
Tumors
431 Citations

Genomic Classification of Cutaneous Melanoma

Akbani, R. , Akdemir, K. C. , Aksoy, B. A. , Albert, M. , Ally, A. , Amin, S. B. , Arachchi, H. , Arora, A. , Auman, J. T. , Ayala, B. , Baboud, J. , Balasundaram, M. , Balu, S. , Barnabas, N. , Bartlett, J. , Bartlett, P. , Bastian, B. C. , Baylin, S. B. , Behera, M. , Belyaev, D. & 333 others Benz, C., Bernard, B., Beroukhim, R., Bir, N., Black, A. D., Bodenheimer, T., Boice, L., Boland, G. M., Bono, R., Bootwalla, M. S., Bosenberg, M., Bowen, J., Bowlby, R., Bristow, C. A., Brockway-Lunardi, L., Brooks, D., Brzezinski, J., Bshara, W., Buda, E., Burns, W. R., Butterfield, Y. S. N., Button, M., Calderone, T., Cappellini, G. A., Carter, C., Carter, S. L., Cherney, L., Cherniack, A. D., Chevalier, A., Chin, L., Cho, J., Cho, R. J., Choi, Y. L., Chu, A., Chudamani, S., Cibulskis, K., Ciriello, G., Clarke, A., Coons, S., Cope, L., Crain, D., Curley, E., Danilova, L., D'Atri, S., Davidsen, T., Davies, M. A., Delman, K. A., Demchok, J. A., Deng, Q. A., Deribe, Y. L., Dhalla, N., Dhir, R., Dicara, D., Dinikin, M., Dubina, M., Ebrom, J. S., Egea, S., Eley, G., Engel, J., Eschbacher, J. M., Fedosenko, K. V., Felau, I., Fennell, T., Ferguson, M. L., Fisher, S., Flaherty, K. T., Frazer, S., Frick, J., Fulidou, V., Gabriel, S. B., Gao, J., Gardner, J., Garraway, L. A., Gastier-Foster, J. M., Gaudioso, C., Gehlenborg, N., Genovese, G., Gerken, M., Gershenwald, J. E., Getz, G., Gomez-Fernandez, C., Gribbin, T., Grimsby, J., Gross, B., Guin, R., Gutschner, T., Hadjipanayis, A., Halaban, R., Hanf, B., Haussler, D., Haydu, L. E., Hayes, D. N., Hayward, N. K., Heiman, D. I., Herbert, L., Herman, J. G., Hersey, P., Hoadley, K. A., Hodis, E., Holt, R. A., Hoon, D. S., Hoppough, S., Hoyle, A. P., Huang, F. W., Huang, M., Huang, S., Hutter, C. M., Ibbs, M., Iype, L., Jacobsen, A., Jakrot, V., Janning, A., Jeck, W. R., Jefferys, S. R., Jensen, M. A., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Ju, Z., Kakavand, H., Kang, H., Kefford, R. F., Khuri, F. R., Kim, J., Kirkwood, J. M., Klode, J., Korkut, A., Korski, K., Krauthammer, M., Kucherlapati, R., Kwong, L. N., Kycler, W., Ladanyi, M., Lai, P. H., Laird, P. W., Lander, E., Lawrence, M. S., Lazar, A. J., Łaźniak, R., Lee, D., Lee, J. E., Lee, J., Lee, K., Lee, S., Lee, W., Leporowska, E., Leraas, K. M., Li, H. I., Lichtenberg, T. M., Lichtenstein, L., Lin, P., Ling, S., Liu, J., Liu, O., Liu, W., Long, G. V., Lu, Y., Ma, S., Ma, Y., Mackiewicz, A., Mahadeshwar, H. S., Malke, J., Mallery, D., Manikhas, G. M., Mann, G. J., Marra, M. A., Matejka, B., Mayo, M., Mehrabi, S., Meng, S., Meyerson, M., Mieczkowski, P. A., Miller, J. P., Miller, M. L., Mills, G. B., Moiseenko, F., Moore, R. A., Morris, S., Morrison, C., Morton, D., Moschos, S., Mose, L. E., Muller, F. L., Mungall, A. J., Murawa, D., Murawa, P., Murray, B. A., Nezi, L., Ng, S., Nicholson, D., Noble, M. S., Osunkoya, A., Owonikoko, T. K., Ozenberger, B. A., Pagani, E., Paklina, O. V., Pantazi, A., Parfenov, M., Parfitt, J., Park, P. J., Park, W. Y., Parker, J. S., Passarelli, F., Penny, R., Perou, C. M., Pihl, T. D., Potapova, O., Prieto, V. G., Protopopov, A., Quinn, M. J., Radenbaugh, A., Rai, K., Ramalingam, S. S., Raman, A. T., Ramirez, N. C., Ramirez, R., Rao, U., Rathmell, W. K., Ren, X., Reynolds, S. M., Roach, J., Robertson, A. G., Ross, M. I., Roszik, J., Russo, G., Saksena, G., Saller, C., Samuels, Y., Sander, C., Sander, C., Sandusky, G., Santoso, N., Saul, M., Saw, R. P., Schadendorf, D., Schein, J. E., Schultz, N., Schumacher, S. E., Schwallier, C., Scolyer, R. A., Seidman, J., Sekhar, P. C., Sekhon, H. S., Senbabaoglu, Y., Seth, S., Shannon, K. F., Sharpe, S., Sharpless, N. E., Shaw, K. R. M., Shelton, C., Shelton, T., Shen, R., Sheth, M., Shi, Y., Shiau, C. J., Shmulevich, I., Sica, G. L., Simons, J. V., Sinha, R., Sipahimalani, P., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, X., Sougnez, C., Spillane, A. J., Spychała, A., Stretch, J. R., Stuart, J., Suchorska, W. M., Sucker, A., Sumer, S. O., Sun, Y., Synott, M., Tabak, B., Tabler, T. R., Tam, A., Tan, D., Tang, J., Tarnuzzer, R., Tarvin, K., Tatka, H., Taylor, B. S., Teresiak, M., Thiessen, N., Thompson, J. F., Thorne, L., Thorsson, V., Trent, J. M., Triche, T. J., Tsai, K. Y., Tsou, P., Van Den Berg, D. J., Van Allen, E. M., Veluvolu, U., Verhaak, R. G., Voet, D., Voronina, O., Walter, V., Walton, J. S., Wan, Y., Wang, Y., Wang, Z., Waring, S., Watson, I. R., Weinhold, N., Weinstein, J. N., Weisenberger, D. J., White, P., Wilkerson, M. D., Wilmott, J. S., Wise, L., Wiznerowicz, M., Woodman, S. E., Wu, C. J., Wu, C. C., Wu, J., Wu, Y., Xi, R., Xu, A. W., Yang, D., Yang, L., Yang, L., Zack, T. I., Zenklusen, J. C., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, W., Zhao, X., Zhu, J., Zhu, K., Zimmer, L., Zmuda, E., Zou, L. & The Cancer Genome Atlas Network Jun 20 2015 In : Cell. 161, 7, p. 1681-1696 16 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Melanoma
Skin
Proteins
T-cells
Lymphocytes
5 Citations

Proteomic profiling of patient-derived glioblastoma xenografts identifies a subset with activated EGFR: Implications for drug development

Brown, K. E., Chagoya, G., Kwatra, S. G., Yen, T., Keir, S. T., Cooter, M., Hoadley, K. A., Rasheed, A., Lipp, E. S., McLendon, R., Ali-Osman, F., Bigner, D. D., Sampson, J. H. & Kwatra, M. M. Jun 1 2015 In : Journal of Neurochemistry. 133, 5, p. 730-738 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioblastoma
Heterografts
Proteomics
Pharmaceutical Preparations
Neoplasms
16 Citations

Response and survival of breast cancer intrinsic subtypes following multi-agent neoadjuvant chemotherapy

Prat, A., Fan, C., Fernández, A., Hoadley, K. A., Martinello, R., Vidal, M., Viladot, M., Pineda, E., Arance, A., Muñoz, M., Paré, L., Cheang, M. C. U., Adamo, B. & Perou, C. M. Dec 18 2015 In : BMC Medicine. 13, 1, 303

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Drug Therapy
Survival
Recurrence
Triple Negative Breast Neoplasms
2 Citations

The Cancer Genome Atlas Project on Muscle-invasive Bladder Cancer

Lerner, S. P., Weinstein, J., Kwiatkowski, D., Kim, J., Robertson, G., Hoadley, K. A., Akbani, R., Creighton, C. & on behalf of the TCGA Muscle Invasive Bladder Cancer Analysis Working Group Jan 1 2015 In : European Urology Focus. 1, 1, p. 94-95 2 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Atlases
Urinary Bladder Neoplasms
Genome
Muscles
Neoplasms
303 Citations

The Molecular Taxonomy of Primary Prostate Cancer

Abeshouse, A. , Ahn, J. , Akbani, R. , Ally, A. , Amin, S. , Andry, C. D. , Annala, M. , Aprikian, A. , Armenia, J. , Arora, A. , Auman, J. T. , Balasundaram, M. , Balu, S. , Barbieri, C. E. , Bauer, T. , Benz, C. C. , Bergeron, A. , Beroukhim, R. , Berrios, M. , Bivol, A. & 292 others Bodenheimer, T., Boice, L., Bootwalla, M. S., Borges Dos Reis, R., Boutros, P. C., Bowen, J., Bowlby, R., Boyd, J., Bradley, R. K., Breggia, A., Brimo, F., Bristow, C. A., Brooks, D., Broom, B. M., Bryce, A. H., Bubley, G., Burks, E., Butterfield, Y. S. N., Button, M., Canes, D., Carlotti, C. G., Carlsen, R., Carmel, M., Carroll, P. R., Carter, S. L., Cartun, R., Carver, B. S., Chan, J. M., Chang, M. T., Chen, Y., Cherniack, A. D., Chevalier, S., Chin, L., Cho, J., Chu, A., Chuah, E., Chudamani, S., Cibulskis, K., Ciriello, G., Clarke, A., Cooperberg, M. R., Corcoran, N. M., Costello, A. J., Cowan, J., Crain, D., Curley, E., David, K., Demchok, J. A., Demichelis, F., Dhalla, N., Dhir, R., Doueik, A., Drake, B., Dvinge, H., Dyakova, N., Felau, I., Ferguson, M. L., Frazer, S., Freedland, S., Fu, Y., Gabriel, S. B., Gao, J., Gardner, J., Gastier-Foster, J. M., Gehlenborg, N., Gerken, M., Gerstein, M. B., Getz, G., Godwin, A. K., Gopalan, A., Graefen, M., Graim, K., Gribbin, T., Guin, R., Gupta, M., Hadjipanayis, A., Haider, S., Hamel, L., Hayes, D. N., Heiman, D. I., Hess, J., Hoadley, K. A., Holbrook, A. H., Holt, R. A., Holway, A., Hovens, C. M., Hoyle, A. P., Huang, M., Hutter, C. M., Ittmann, M., Iype, L., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Juhl, H., Kahles, A., Kane, C. J., Kasaian, K., Kerger, M., Khurana, E., Kim, J., Klein, R. J., Kucherlapati, R., Lacombe, L., Ladanyi, M., Lai, P. H., Laird, P. W., Lander, E. S., Latour, M., Lawrence, M. S., Lau, K., Lebien, T., Lee, D., Lee, S., Lehmann, K. V., Leraas, K. M., Leshchiner, I., Leung, R., Libertino, J. A., Lichtenberg, T. M., Lin, P., Linehan, W. M., Ling, S., Lippman, S. M., Liu, J., Liu, W., Lochovsky, L., Loda, M., Logothetis, C., Lolla, L., Longacre, T., Lu, Y., Luo, J., Ma, Y., Mahadeshwar, H. S., Mallery, D., Mariamidze, A., Marra, M. A., Mayo, M., McCall, S., McKercher, G., Meng, S., Mes-Masson, A. M., Merino, M. J., Meyerson, M., Mieczkowski, P. A., Mills, G. B., Shaw, K. R. M., Minner, S., Moinzadeh, A., Moore, R. A., Morris, S., Morrison, C., Mose, L. E., Mungall, A. J., Murray, B. A., Myers, J. B., Naresh, R., Nelson, J., Nelson, M. A., Nelson, P. S., Newton, Y., Noble, M. S., Noushmehr, H., Nykter, M., Pantazi, A., Parfenov, M., Park, P. J., Parker, J. S., Paulauskis, J., Penny, R., Perou, C. M., Piché, A., Pihl, T., Pinto, P. A., Prandi, D., Protopopov, A., Ramirez, N. C., Rao, A., Rathmell, W. K., Rätsch, G., Ren, X., Reuter, V. E., Reynolds, S. M., Rhie, S. K., Rieger-Christ, K., Roach, J., Robertson, A. G., Robinson, B., Rubin, M. A., Saad, F., Sadeghi, S., Saksena, G., Saller, C., Salner, A., Sanchez-Vega, F., Sander, C., Sandusky, G., Sauter, G., Sboner, A., Scardino, P. T., Scarlata, E., Schein, J. E., Schlomm, T., Schmidt, L. S., Schultz, N., Schumacher, S. E., Seidman, J., Neder, L., Seth, S., Sharp, A., Shelton, C., Shelton, T., Shen, H., Shen, R., Sherman, M., Sheth, M., Shi, Y., Shih, J., Shmulevich, I., Simko, J., Simon, R., Simons, J. V., Sipahimalani, P., Skelly, T., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, X., Sorcini, A., Sougnez, C., Stepa, S., Stewart, C., Stewart, J., Stuart, J. M., Sullivan, T. B., Sun, C., Sun, H., Tam, A., Tan, D., Tang, J., Tarnuzzer, R., Tarvin, K., Taylor, B. S., Teebagy, P., Tenggara, I., Têtu, B., Tewari, A., Thiessen, N., Thompson, T., Thorne, L. B., Tirapelli, D. P., Tomlins, S. A., Trevisan, F. A., Troncoso, P., True, L. D., Tsourlakis, M. C., Tyekucheva, S., Van Allen, E., Van Den Berg, D. J., Veluvolu, U., Verhaak, R., Vocke, C. D., Voet, D., Wan, Y., Wang, Q., Wang, W., Wang, Z., Weinhold, N., Weinstein, J. N., Weisenberger, D. J., Wilkerson, M. D., Wise, L., Witte, J., Wu, C. C., Wu, J., Wu, Y., Xu, A. W., Yadav, S. S., Yang, L., Yang, L., Yau, C., Ye, H., Yena, P., Zeng, T., Zenklusen, J. C., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, W., Zhong, Y., Zhu, K. & Zmuda, E. Nov 5 2015 In : Cell. 163, 4, p. 1011-1025 15 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Prostatic Neoplasms
Neoplasms
Taxonomies
Genes
Androgen Receptors
141 Citations

Virtual microdissection identifies distinct tumor- and stroma-specific subtypes of pancreatic ductal adenocarcinoma

Moffitt, R. A., Marayati, R., Flate, E. L., Volmar, K. E., Loeza, S. G. H., Hoadley, K. A., Rashid, N. U., Williams, L. A., Eaton, S. C., Chung, A. H., Smyla, J. K., Anderson, J. M., Kim, H. J., Bentrem, D. J., Talamonti, M. S., Iacobuzio-Donahue, C. A., Hollingsworth, M. A. & Yeh, J. J. Jan 1 2015 In : Nature Genetics. 47, 10, p. 1168-1178 11 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Microdissection
Adenocarcinoma
Neoplasms
Gene Expression
Therapeutics
2014
67 Citations
RNA Sequence Analysis
Poly A
Oligonucleotide Array Sequence Analysis
Messenger RNA
Paraffin
829 Citations

Comprehensive molecular characterization of urothelial bladder carcinoma

Weinstein, J. N. , Akbani, R. , Broom, B. M. , Wang, W. , Verhaak, R. G. W. , McConkey, D. , Lerner, S. , Morgan, M. , Creighton, C. J. , Smith, C. , Cherniack, A. D. , Kim, J. , Pedamallu, C. S. , Noble, M. S. , Al-Ahmadie, H. A. , Reuter, V. E. , Rosenberg, J. E. , F.Bajorin, D. , Bochner, B. H. , Solit, D. B. & 273 others Koppie, T., Robinson, B., Gordenin, D. A., Fargo, D., Klimczak, L. J., Roberts, S. A., Au, J., Laird, P. W., Hinoue, T., Schultz, N., Ramirez, R., Hansel, D., Hoadley, K. A., Kim, W. Y., Damrauer, J. S., Baylin, S. B., Mungall, A. J., Robertson, A. G., Chu, A., Kwiatkowski, D. J., Sougnez, C., Cibulskis, K., Lichtenstein, L., Sivachenko, A., Stewart, C., Lawrence, M. S., Getz, G., Lander, E., Gabrie, S. B., Donehower, L., Carter, S. L., Saksena, G., Schumacher, S. E., Freeman, S. S., Jung, J., Bhatt, A. S., Pugh, T., Beroukhim, R., Meyerson, M., Ally, A., Balasundaram, M., Butterfield, Y. S. N., Dhalla, N., Hirst, C., Holt, R. A., Jones, S. J. M., Lee, D., Li, H. I., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Thiessen, N., Wong, T., Wye, N., Bowlby, R., Chuah, E., Guin, R., Shen, H., Bootwalla, M. S., Triche, T., Lai, P. H., Van Den Berg, D. J., Weisenberger, D. J., Balu, S., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Jefferys, S. R., Meng, S., Mose, L. E., Simons, J. V., Soloway, M. G., Wu, J., Parker, J. S., Hayes, D. N., Roach, J., Buda, E., Jones, C. D., Mieczkowski, P. A., Tan, D., Veluvolu, U., Waring, S., Auman, J. T., Perou, C. M., Wilkerson, M. D., Santoso, N., Parfenov, M., Ren, X., Pantazi, A., Hadjipanayis, A., Seidman, J., Kucherlapati, R., Lee, S., Yang, L., Park, P. J., Xu, A. W., Protopopov, A., Zhang, J., Bristow, C., Mahadeshwar, H. S., Seth, S., Song, X., Tang, J., Zeng, D., Chin, L., Guo, C., Casasent, T. D., Liu, W., Ju, Z., Motter, T., Peng, B., Ryan, M., Su, X., Yang, J. Y., Lorenzi, P. L., Yao, H., Zhang, N., Zhang, J., Mills, G. B., Cho, J., DiCara, D., Frazer, S., Gehlenborg, N., Heiman, D. I., Lin, P., Liu, Y., Stojanov, P., Voet, D., Zhang, H., Zou, L., Bernard, B., Kreisberg, D., Reynolds, S., Rovira, H., Shmulevich, I., Gao, J., Jacobsen, A., Aksoy, B. A., Antipin, Y., Ciriello, G., Dresdner, G., Gross, B., Lee, W., Reva, B., Shen, R., Sinha, R., Sumer, S. O., Weinhold, N., Ladanyi, M., Sander, C., Benz, C., Carlin, D., Haussler, D., Ng, S., Paull, E., Stuart, J., Zhu, J., Liu, Y., Zhang, W., Taylor, B. S., Lichtenberg, T. M., Zmuda, E., Barr, T., Black, A. D., George, M., Hanf, B., Helsel, C., McAllister, C., Ramirez, N. C., Tabler, T. R., Weaver, S., Wise, L., Bowen, J., Gastier-Foster, J. M., Jian, W., Tello, S., Ittman, M., Castro, P., McClenden, W. D., Gibbs, R., Saller, C., Tarvin, K., DiPiero, J. M., Owens, J., Bollag, R., Li, Q., Weinberger, P., Czerwinski, C., Huelsenbeck-Dill, L., Iacocca, M., Petrelli, N., Rabeno, B., Swanson, P., Shelton, T., Curley, E., Gardner, J., Mallery, D., Penny, R., Van Bang, N., Hanh, P. T., Kohl, B., Van Le, X., Phu, B. D., Thorp, R., Tien, N. V., Vinh, L. Q., Sandusky, G., Burks, E., Christ, K., Gee, J., Holway, A., Moinzadeh, A., Sorcini, A., Sullivan, T., Garcia-Grossman, I. R., Regazzi, A. M., Boice, L., Rathmell, W. K., Thorne, L., Bastacky, S., Davies, B., Dhir, R., Gingrich, J., Hrebinko, R., Maranchie, J., Nelson, J., Parwani, A., Bshara, W., Gaudioso, C., Morrison, C., Alexopoulou, V., Bartlett, J., Engel, J., Kodeeswaran, S., Antic, T., O'Donnell, P. H., Smith, N. D., Steinberg, G. D., Egea, S., Gomez-Fernandez, C., Herbert, L., Jorda, M., Soloway, M., Beaver, A., Carter, S., Kapur, P., Lewis, C., Lotan, Y., Bondaruk, J., Czerniak, B., Skinner, E., Aldape, K., Jensen, M. A., Kahn, A. B., Pihl, T. D., Pot, D. A., Srinivasan, D., Wan, Y., Ferguson, M. L., Zenklusen, J. C., Davidsen, T., Demchok, J. A., Shaw, K. R. M., Sheth, M., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Hutter, C., Ozenberger, B. A., Sofia, H. J. & Eley, G. Jan 1 2014 In : Nature. 507, 7492, p. 315-322 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Urinary Bladder
Carcinoma
Neoplasms
Chromatin
Genes
1054 Citations

Comprehensive molecular profiling of lung adenocarcinoma: The cancer genome atlas research network

Collisson, E. A. , Campbell, J. D. , Brooks, A. N. , Berger, A. H. , Lee, W. , Chmielecki, J. , Beer, D. G. , Cope, L. , Creighton, C. J. , Danilova, L. , Ding, L. , Getz, G. , Hammerman, P. S. , Hayes, D. N. , Hernandez, B. , Herman, J. G. , Heymach, J. V. , Jurisica, I. , Kucherlapati, R. , Kwiatkowski, D. & 290 others Ladanyi, M., Robertson, G., Schultz, N., Shen, R., Sinha, R., Sougnez, C., Tsao, M. S., Travis, W. D., Weinstein, J. N., Wigle, D. A., Wilkerson, M. D., Chu, A., Cherniack, A. D., Hadjipanayis, A., Rosenberg, M., Weisenberger, D. J., Laird, P. W., Radenbaugh, A., Ma, S., Stuart, J. M., Byers, L. A., Baylin, S. B., Govindan, R., Meyerson, M., Gabriel, S. B., Cibulskis, K., Kim, J., Stewart, C., Lichtenstein, L., Lander, E. S., Lawrence, M. S., Getz, E., Fulton, R., Fulton, L. L., McLellan, M. D., Wilson, R. K., Ye, K., Fronick, C. C., Maher, C. A., Miller, C. A., Wendl, M. C., Cabanski, C., Mardis, E., Wheeler, D., Balasundaram, M., Butterfield, Y. S. N., Carlsen, R., Chuah, E., Dhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Varhol, R., Robertson, A. G., Wye, N., Thiessen, N., Holt, R. A., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Imielinski, M., Onofrio, R. C., Hodis, E., Zack, T., Helman, E., Pedamallu, C. S., Mesirov, J., Saksena, G., Schumacher, S. E., Carter, S. L., Garraway, L., Beroukhim, R., Lee, S., Mahadeshwar, H. S., Pantazi, A., Protopopov, A., Ren, X., Seth, S., Song, X., Tang, J., Yang, L., Zhang, J., Chen, P. C., Parfenov, M., Xu, A. W., Santoso, N., Chin, L., Park, P. J., Hoadley, K. A., Auman, J. T., Meng, S., Shi, Y., Buda, E., Waring, S., Veluvolu, U., Tan, D., Mieczkowski, P. A., Jones, C. D., Simons, J. V., Soloway, M. G., Bodenheimer, T., Jefferys, S. R., Roach, J., Hoyle, A. P., Wu, J., Balu, S., Singh, D., Prins, J. F., Marron, J. S., Parker, J. S., Perou, C. M., Liu, J., Maglinte, D. T., Lai, P. H., Bootwalla, M. S., Van Den Berg, D. J., Triche, T., Cho, J., DiCara, D., Heiman, D., Lin, P., Mallard, W., Voet, D., Zhang, H., Zou, L., Noble, M. S., Gehlenborg, N., Thorvaldsdottir, H., Nazaire, M. D., Robinson, J., Aksoy, B. A., Ciriello, G., Taylor, B. S., Dresdner, G., Gao, J., Gross, B., Seshan, V. E., Reva, B., Sumer, S. O., Weinhold, N., Sander, C., Ng, S., Zhu, J., Benz, C. C., Yau, C., Haussler, D., Spellman, P. T., Kimes, P. K., Broom, B. M., Wang, J., Lu, Y., Ng, P. K. S., Diao, L., Liu, W., Amos, C. I., Akbani, R., Mills, G. B., Curley, E., Paulauskis, J., Lau, K., Morris, S., Shelton, T., Mallery, D., Gardner, J., Penny, R., Saller, C., Tarvin, K., Richards, W. G., Cerfolio, R., Bryant, A., Raymond, D. P., Pennell, N. A., Farver, C., Czerwinski, C., Huelsenbeck-Dill, L., Iacocca, M., Petrelli, N., Rabeno, B., Brown, J., Bauer, T., Dolzhanskiy, C. O., Potapova, O., Rotin, D., Voronina, O., Nemirovich-Danchenko, E., Fedosenko, K. V., Gal, A., Behera, M., Ramalingam, S. S., Sica, G., Flieder, D., Boyd, J., Weaver, J. E., Kohl, B., Thinh, D. H. Q., Sandusky, G., Juhl, H., Duhig, E., Illei, P., Gabrielson, E., Shin, J., Lee, B., Rogers, K., Trusty, D., Brock, M. V., Williamson, C., Burks, E., Rieger-Christ, K., Holway, A., Sullivan, T., Asiedu, M. K., Kosari, F., Rekhtman, N., Zakowski, M., Rusch, V. W., Zippile, P., Suh, J., Pass, H., Goparaju, C., Owusu-Sarpong, Y., Bartlett, J. M. S., Kodeeswaran, S., Parfitt, J., Sekhon, H., Albert, M., Eckman, J., Myers, J. B., Morrison, C., Gaudioso, C., Borgia, J. A., Bonomi, P., Pool, M., Liptay, M. J., Moiseenko, F., Zaytseva, I., Dienemann, H., Meister, M., Schnabel, P. A., Muley, T. R., Peifer, M., Gomez-Fernandez, C., Herbert, L., Egea, S., Huang, M., Thorne, L. B., Boice, L., Salazar, A. H., Funkhouser, W. K., Rathmell, W. K., Dhir, R., Yousem, S. A., Dacic, S., Schneider, F., Siegfried, J. M., Hajek, R., Watson, M. A., McDonald, S., Meyers, B., Clarke, B., Yang, I. A., Fong, K. M., Hunter, L., Windsor, M., Bowman, R. V., Peters, S., Letovanec, I., Khan, K. Z., Jensen, M. A., Snyder, E. E., Srinivasan, D., Kahn, A. B., Baboud, J., Pot, D. A., Shaw, K. R. M., Sheth, M., Davidsen, T., Demchok, J. A., Yang, L., Wang, Z., Tarnuzzer, R., Zenklusen, J. C., Ozenberger, B. A., Sofia, H. J. & Cheney, R. Jan 1 2014 In : Nature. 511, 7511, p. 543-550 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Atlases
Genome
Mutation
Research
Neoplasms
486 Citations

Integrated Genomic Characterization of Papillary Thyroid Carcinoma

Agrawal, N. , Akbani, R. , Aksoy, B. A. , Ally, A. , Arachchi, H. , Asa, S. L. , Auman, J. T. , Balasundaram, M. , Balu, S. , Baylin, S. B. , Behera, M. , Bernard, B. , Beroukhim, R. , Bishop, J. A. , Black, A. D. , Bodenheimer, T. , Boice, L. , Bootwalla, M. S. , Bowen, J. , Bowlby, R. & 223 others Bristow, C. A., Brookens, R., Brooks, D., Bryant, R., Buda, E., Butterfield, Y. S. N., Carling, T., Carlsen, R., Carter, S. L., Carty, S. E., Chan, T. A., Chen, A. Y., Cherniack, A. D., Cheung, D., Chin, L., Cho, J., Chu, A., Chuah, E., Cibulskis, K., Ciriello, G., Clarke, A., Clayman, G. L., Cope, L., Copland, J. A., Covington, K., Danilova, L., Davidsen, T., Demchok, J. A., DiCara, D., Dhalla, N., Dhir, R., Dookran, S. S., Dresdner, G., Eldridge, J., Eley, G., El-Naggar, A. K., Eng, S., Fagin, J. A., Fennell, T., Ferris, R. L., Fisher, S., Frazer, S., Frick, J., Gabriel, S. B., Ganly, I., Gao, J., Garraway, L. A., Gastier-Foster, J. M., Getz, G., Gehlenborg, N., Ghossein, R., Gibbs, R. A., Giordano, T. J., Gomez-Hernandez, K., Grimsby, J., Gross, B., Guin, R., Hadjipanayis, A., Harper, H. A., Hayes, D. N., Heiman, D. I., Herman, J. G., Hoadley, K. A., Hofree, M., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Huang, F. W., Huang, M., Hutter, C. M., Ideker, T., Iype, L., Jacobsen, A., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Kasaian, K., Kebebew, E., Khuri, F. R., Kim, J., Kramer, R., Kreisberg, R., Kucherlapati, R., Kwiatkowski, D. J., Ladanyi, M., Lai, P. H., Laird, P. W., Lander, E., Lawrence, M. S., Lee, D., Lee, E., Lee, S., Lee, W., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., Lichtenstein, L., Lin, P., Ling, S., Liu, J., Liu, W., Liu, Y., LiVolsi, V. A., Lu, Y., Ma, Y., Mahadeshwar, H. S., Marra, M. A., Mayo, M., McFadden, D. G., Meng, S., Meyerson, M., Mieczkowski, P. A., Miller, M., Mills, G., Moore, R. A., Mose, L. E., Mungall, A. J., Murray, B. A., Nikiforov, Y. E., Noble, M. S., Ojesina, A. I., Owonikoko, T. K., Ozenberger, B. A., Pantazi, A., Parfenov, M., Park, P. J., Parker, J. S., Paull, E. O., Pedamallu, C. S., Perou, C. M., Prins, J. F., Protopopov, A., Ramalingam, S. S., Ramirez, N. C., Ramirez, R., Raphael, B. J., Rathmell, W. K., Ren, X., Reynolds, S. M., Rheinbay, E., Ringel, M. D., Rivera, M., Roach, J., Robertson, A. G., Rosenberg, M. W., Rosenthal, M., Sadeghi, S., Saksena, G., Sander, C., Santoso, N., Schein, J. E., Schultz, N., Schumacher, S. E., Seethala, R. R., Seidman, J., Senbabaoglu, Y., Seth, S., Sharpe, S., Shaw, K. R. M., Shen, J. P., Shen, R., Sherman, S., Sheth, M., Shi, Y., Shmulevich, I., Sica, G. L., Simons, J. V., Sinha, R., Sipahimalani, P., Smallridge, R. C., Sofia, H. J., Soloway, M. G., Song, X., Sougnez, C., Stewart, C., Stojanov, P., Stuart, J. M., Sumer, S. O., Sun, Y., Tabak, B., Tam, A., Tan, D., Tang, J., Tarnuzzer, R., Taylor, B. S., Thiessen, N., Thorne, L., Thorsson, V., Tuttle, R. M., Umbricht, C. B., Van Den Berg, D. J., Vandin, F., Veluvolu, U., Verhaak, R. G. W., Vinco, M., Voet, D., Walter, V., Wang, Z., Waring, S., Weinberger, P. M., Weinhold, N., Weinstein, J. N., Weisenberger, D. J., Wheeler, D., Wilkerson, M. D., Wilson, J., Williams, M., Winer, D. A., Wise, L., Wu, J., Xi, L., Xu, A. W., Yang, L., Yang, L., Zack, T. I., Zeiger, M. A., Zeng, D., Zenklusen, J. C., Zhao, N., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, J., Zhang, W., Zmuda, E. & Zou, L. Oct 23 2014 In : Cell. 159, 3, p. 676-690 15 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Papillary Thyroid cancer
Thyroid Neoplasms
Factor IX
Methylation
Pathology
29 Citations

Integrated RNA and DNA sequencing improves mutation detection in low purity tumors

Wilkerson, M. D., Cabanski, C. R., Sun, W., Hoadley, K. A., Walter, V., Mose, L. E., Troester, M. A., Hammerman, P. S., Parker, J. S., Perou, C. M. & Hayes, D. N. 2014 In : Nucleic Acids Research. 42, 13

Research output: Research - peer-reviewArticle

RNA Sequence Analysis
DNA Sequence Analysis
Mutation
DNA
Neoplasms
191 Citations

Intrinsic subtypes of high-grade bladder cancer reflect the hallmarks of breast cancer biology

Damrauer, J. S., Hoadley, K. A., Chism, D. D., Fan, C., Tiganelli, C. J., Wobker, S. E., Yeh, J. J., Milowsky, M. I., Iyer, G., Parker, J. S. & Kim, W. Y. Feb 25 2014 In : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 8, p. 3110-3115 6 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Urinary Bladder Neoplasms
Breast Neoplasms
Gene Expression
Therapeutics
Microarray Analysis
13 Citations

Molecular features of the basal-like breast cancer subtype based on BRCA1 mutation status

Prat, A., Cruz, C., Hoadley, K. A., Díez, O., Perou, C. M. & Balmaña, J. 2014 In : Breast Cancer Research and Treatment. 147, 1, p. 185-191 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Mutation
Neoplasms
DNA
Proteins
344 Citations

Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin

Hoadley, K. A. , Yau, C. , Wolf, D. M. , Cherniack, A. D. , Tamborero, D. , Ng, S. , Leiserson, M. D. M. , Niu, B. , McLellan, M. D. , Uzunangelov, V. , Zhang, J. , Kandoth, C. , Akbani, R. , Shen, H. , Omberg, L. , Chu, A. , Margolin, A. A. , Van't Veer, L. J. , Lopez-Bigas, N. , Laird, P. W. & 320 others Raphael, B. J., Ding, L., Robertson, A. G., Byers, L. A., Mills, G. B., Weinstein, J. N., Van Waes, C., Chen, Z., Collisson, E. A., Benz, C. C., Perou, C. M., Stuart, J. M., Abbott, R., Abbott, S., Aksoy, B. A., Aldape, K., Ally, A., Amin, S., Anastassiou, D., Auman, J. T., Baggerly, K. A., Balasundaram, M., Balu, S., Baylin, S. B., Benz, S. C., Berman, B. P., Bernard, B., Bhatt, A. S., Birol, I., Black, A. D., Bodenheimer, T., Bootwalla, M. S., Bowen, J., Bressler, R., Bristow, C. A., Brooks, A. N., Broom, B., Buda, E., Burton, R., Butterfield, Y. S. N., Carlin, D., Carter, S. L., Casasent, T. D., Chang, K., Chanock, S., Chin, L., Cho, D. Y., Cho, J., Chuah, E., Chun, H. J. E., Cibulskis, K., Ciriello, G., Cleland, J., Cline, M., Craft, B., Creighton, C. J., Danilova, L., Davidsen, T., Davis, C., Dees, N. D., Delehaunty, K., Demchok, J. A., Dhalla, N., DiCara, D., Dinh, H., Dobson, J. R., Dodda, D., Doddapaneni, H. V., Donehower, L., Dooling, D. J., Dresdner, G., Drummond, J., Eakin, A., Edgerton, M., Eldred, J. M., Eley, G., Ellrott, K., Fan, C., Fei, S., Felau, I., Frazer, S., Freeman, S. S., Frick, J., Fronick, C. C., Fulton, L. L., Fulton, R., Gabriel, S. B., Gao, J., Gastier-Foster, J. M., Gehlenborg, N., George, M., Getz, G., Gibbs, R., Goldman, M., Gonzalez-Perez, A., Gross, B., Guin, R., Gunaratne, P., Hadjipanayis, A., Hamilton, M. P., Hamilton, S. R., Han, L., Han, Y., Harper, H. A., Haseley, P., Haussler, D., Hayes, D. N., Heiman, D. I., Helman, E., Helsel, C., Herbrich, S. M., Herman, J. G., Hinoue, T., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Hoyle, A. P., Iype, L., Jacobsen, A., Jeffreys, S. R., Jensen, M. A., Jones, C. D., Jones, S. J. M., Ju, Z., Jung, J., Kahles, A., Kahn, A., Kalicki-Veizer, J., Kalra, D., Kanchi, K. L., Kane, D. W., Kim, H., Kim, J., Knijnenburg, T., Koboldt, D. C., Kovar, C., Kramer, R., Kreisberg, R., Kucherlapati, R., Ladanyi, M., Lander, E. S., Larson, D. E., Lawrence, M. S., Lee, D., Lee, E., Lee, S., Lee, W., Lehmann, K. V., Leinonen, K., Leraas, K. M., Lerner, S., Levine, D. A., Lewis, L., Ley, T. J., Li, H. I., Li, J., Li, W., Liang, H., Lichtenberg, T. M., Lin, J., Lin, L., Lin, P., Liu, W., Liu, Y., Liu, Y., Lorenzi, P. L., Lu, C., Lu, Y., Luquette, L. J., Ma, S., Magrini, V. J., Mahadeshwar, H. S., Mardis, E. R., Marra, M. A., Mayo, M., McAllister, C., McGuire, S. E., McMichael, J. F., Melott, J., Meng, S., Meyerson, M., Mieczkowski, P. A., Miller, C. A., Miller, M. L., Miller, M., Moore, R. A., Morgan, M., Morton, D., Mose, L. E., Mungall, A. J., Muzny, D., Nguyen, L., Noble, M. S., Noushmehr, H., O'Laughlin, M., Ojesina, A. I., Yang, T. H. O., Ozenberger, B., Pantazi, A., Parfenov, M., Park, P. J., Parker, J. S., Paull, E., Pedamallu, C. S., Pihl, T., Pohl, C., Pot, D., Protopopov, A., Przytycka, T., Radenbaugh, A., Ramirez, N. C., Ramirez, R., Rätsch, G., Reid, J., Ren, X., Reva, B., Reynolds, S. M., Rhie, S. K., Roach, J., Rovira, H., Ryan, M., Saksena, G., Salama, S., Sander, C., Santoso, N., Schein, J. E., Schmidt, H., Schultz, N., Schumacher, S. E., Seidman, J., Senbabaoglu, Y., Seth, S., Sharpe, S., Shen, R., Sheth, M., Shi, Y., Shmulevich, I., Silva, G. O., Simons, J. V., Sinha, R., Sipahimalani, P., Smith, S. M., Sofia, H. J., Sokolov, A., Soloway, M. G., Song, X., Sougnez, C., Spellman, P., Staudt, L., Stewart, C., Stojanov, P., Su, X., Sumer, S. O., Sun, Y., Swatloski, T., Tabak, B., Tam, A., Tan, D., Tang, J., Tarnuzzer, R., Taylor, B. S., Thiessen, N., Thorsson, V., Triche, T., Van Den Berg, D. J., Vandin, F., Varhol, R. J., Vaske, C. J., Veluvolu, U., Verhaak, R., Voet, D., Walker, J., Wallis, J. W., Waltman, P., Wan, Y., Wang, M., Wang, W., Wang, Z., Waring, S., Weinhold, N., Weisenberger, D. J., Wendl, M. C., Wheeler, D., Wilkerson, M. D., Wilson, R. K., Wise, L., Wong, A., Wu, C. J., Wu, C. C., Wu, H. T., Wu, J., Wylie, T., Xi, L., Xi, R., Xia, Z., Xu, A. W., Yang, D., Yang, L., Yang, L., Yang, Y., Yao, J., Yao, R., Ye, K., Yoshihara, K., Yuan, Y., Yung, A. K., Zack, T., Zeng, D., Zenklusen, J. C., Zhang, H., Zhang, J., Zhang, N., Zhang, Q., Zhang, W., Zhao, W., Zheng, S., Zhu, J., Zmuda, E., Zou, L. & The Cancer Genome Atlas Research Network Aug 14 2014 In : Cell. 158, 4, p. 929-944 16 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Neoplasms
Tissue
Urinary Bladder Neoplasms
Genes
Data Mining
18 Citations

Overexpression of miR-146a in basal-like breast cancer cells confers enhanced tumorigenic potential in association with altered p53 status

Sandhu, R., Rein, J., D'Arcy, M., Herschkowitz, J. I., Hoadley, K. A. & Troester, M. A. Nov 1 2014 In : Carcinogenesis. 35, 11, p. 2567-2575 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Neoplasms
Up-Regulation
Down-Regulation
Mutation Rate
43 Citations
Ovarian Neoplasms
B-Lymphocytes
Breast Neoplasms
Messenger RNA
Neoplasms
2013
9 Citations

BreakTrans: Uncovering the genomic architecture of gene fusions

Chen, K., Navin, N. E., Wang, Y., Schmidt, H. K., Wallis, J. W., Niu, B., Fan, X., Zhao, H., McLellan, M. D., Hoadley, K. A., Mardis, E. R., Ley, T. J., Perou, C. M., Wilson, R. K. & Ding, L. Aug 23 2013 In : Genome Biology. 14, 8, R87

Research output: Research - peer-reviewArticle

gene fusion
genomics
cancer
gene
Gene Fusion
938 Citations

Comprehensivemolecular characterization of clear cell renal cell carcinoma

Creighton, C. J. , Morgan, M. , Gunaratne, P. H. , Wheeler, D. A. , Gibbs, R. A. , Robertson, G. , Chu, A. , Beroukhim, R. , Cibulskis, K. , Signoretti, S. , Vandin, F. , Wu, H. T. , Raphael, B. J. , Verhaak, R. G. W. , Tamboli, P. , Torres-Garcia, W. , Akbani, R. , Weinstein, J. N. , Reuter, V. , Hsieh, J. J. & 268 others Brannon, A. R., Hakimi, A. A., Jacobsen, A., Ciriello, G., Reva, B., Ricketts, C. J., Linehan, W. M., Stuart, J. M., Rathmell, W. K., Hui, S., Laird, P. W., Muzny, D., Davis, C., Liu, X., Chang, K., Kakkar, N., Treviño, L. R., Benton, S., Reid, J. G., Morton, D., Doddapaneni, H., Yi, H., Lewis, L., Huyen, D., Kovar, C., Zhu, Y., Santibanez, J., Min, W., Hale, W., Kalra, D., Getz, G., Lawrence, M. S., Sougnez, C., Carter, S. L., Sivachenko, A., Lee, L., Stewart, C., Voet, D., Fisher, S., Gabriel, S. B., Lander, E., Schumacher, S. E., Tabak, B., Saksena, G., Onofrio, R. C., Cherniack, A. D., Gentry, J., Ardlie, K., Meyerson, M., Chun, H. J. E., Mungall, A. J., Sipahimalani, P., Stoll, D., Ally, A., Balasundaram, M., Butterfield, Y. S. N., Carlsen, R., Carter, C., Chuah, E., Coope, R. J. N., Dhalla, N., Gorski, S., Guin, R., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lebovitz, C., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Pleasance, E., Plettner, P., Schein, J. E., Shafiei, A., Slobodan, J. R., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R. J., Wye, N., Zhao, Y., Birol, I., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Auman, J. T., Tan, D., Jones, C. D., Hoadley, K. A., Mieczkowski, P. A., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Topal, M. D., Liquori, C., Turman, Y. J., Yan, S., Waring, S., Buda, E., Walsh, J., Wu, J., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M. G., Balu, S., Parker, J. S., Hayes, D. N., Perou, C. M., Kucherlapati, R., Park, P., Triche, T., Weisenberger, D. J., Lai, P. H., Bootwalla, M. S., Maglinte, D. T., Mahurkar, S., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Cope, L., Baylin, S. B., Noble, M. S., DiCara, D., Zhang, H., Cho, J., Heiman, D. I., Gehlenborg, N., Mallard, W., Pei, L., Frazer, S., Stojanov, P., Liu, Y., Zhou, L., Kim, J., Chin, L., Benz, C., Yau, C., Reynolds, S. M., Shmulevich, I., Vegesna, R., Kim, H., Wei, Z., Cogdell, D., Jonasch, E., Ding, Z., Lu, Y., Zhang, N., Unruh, A. K., Casasent, T. D., Wakefield, C., Tsavachidou, D., Mills, G. B., Gao, J., Cerami, E., Gross, B., Aksoy, B. A., Sinha, R., Weinhold, N., Sumer, S. O., Taylor, B. S., Shen, R., Ostrovnaya, I., Berger, M. F., Ladanyi, M., Sander, C., Fei, S. S., Stout, A., Spellman, P. T., Rubin, D. L., Liu, T. T., Sam, N., Paull, E. O., Carlin, D., Goldstein, T., Waltman, P., Ellrott, K., Jing, Z., Haussler, D., Xiao, W., Shelton, C., Gardner, J., Penny, R., Sherman, M., Mallery, D., Morris, S., Paulauskis, J., Burnett, K., Shelton, T., Kaelin, W. G., Choueiri, T., Atkins, M. B., Curley, E., Tickoo, S., Thorne, L., Boice, L., Mei, H., Fisher, J. C., Vocke, C. D., Peterson, J., Worrell, R., Merino, M. J., Schmidt, L. S., Czerniak, B. A., Aldape, K. D., Wood, C. G., Boyd, J., Weaver, J. E., Iacocca, M. V., Petrelli, N., Witkin, G., Brown, J., Czerwinski, C., Huelsenbeck-Dill, L., Rabeno, B., Myers, J., Morrison, C., Bergsten, J., Eckman, J., Harr, J., Smith, C., Tucker, K., Zach, L. A., Bshara, W., Gaudioso, C., Dhir, R., Maranchie, J., Nelson, J., Parwani, A., Potapova, C. O., Fedosenko, K., Cheville, J. C., Thompson, R. H., Mosquera, J. M., Rubin, M. A., Blute, M. L., Pihl, T., Jensen, M., Sfeir, R., Kahn, A., Chu, A., Kothiyal, P., Snyder, E., Pontius, J., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Baboud, J., Berton, D., Nicholls, M., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P., Alonso, S., Sanbhadti, R., Barletta, S., Pot, D., Sheth, M., Demchok, J. A., Davidsen, T., Wang, Z., Yang, L., Tarnuzzer, R. W., Zhang, J., Eley, G., Ferguson, M. L., Mills Shaw, K. R., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A. & Sofia, H. J. Aug 28 2013 In : Nature. 499, 7456, p. 43-49 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Renal Cell Carcinoma
Genes
Neoplasms
Mutation
PTEN Phosphohydrolase
1305 Citations

Genomic and epigenomic landscapes of adult de novo acute myeloid leukemia

Ley, T. J. , Miller, C. , Ding, L. , Raphael, B. J. , Mungall, A. J. , Robertson, G. , Hoadley, K. , Triche, T. J. , Laird, P. W. , Baty, J. D. , Fulton, L. L. , Fulton, R. , Heath, S. E. , Kalicki-Veizer, J. , Kandoth, C. , Klco, J. M. , Koboldt, D. C. , Kanchi, K. L. , Kulkarni, S. , Lamprecht, T. L. & 119 others Larson, D. E., Lin, G., Lu, C., McLellan, M. D., McMichael, J. F., Payton, J., Schmidt, H., Spencer, D. H., Tomasson, M. H., Wallis, J. W., Wartman, L. D., Watson, M. A., Welch, J., Wendl, M. C., Ally, A., Balasundaram, M., Birol, I., Butterfield, Y., Chiu, R., Chu, A., Chuah, E., Chun, H. J., Corbett, R., Dhalla, N., Guin, R., He, A., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Jones, S., Karsan, A., Lee, D., Li, H. I., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, K., Parker, J., Pleasance, E., Plettner, P., Schein, J., Stoll, D., Swanson, L., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R., Wye, N., Zhao, Y., Gabriel, S., Getz, G., Sougnez, C., Zou, L., Leiserson, M. D. M., Vandin, F., Wu, H. T., Applebaum, F., Baylin, S. B., Akbani, R., Broom, B. M., Chen, K., Motter, T. C., Nguyen, K., Weinstein, J. N., Zhang, N., Ferguson, M. L., Adams, C., Black, A., Bowen, J., Gastier-Foster, J., Grossman, T., Lichtenberg, T., Wise, L., Davidsen, T., Demchok, J. A., Mills Shaw, K. R., Sheth, M., Sofia, H. J., Yang, L., Downing, J. R., Eley, G., Alonso, S., Ayala, B., Baboud, J., Backus, M., Barletta, S. P., Berton, D. L., Chu, A. L., Girshik, S., Jensen, M. A., Kahn, A., Kothiyal, P., Nicholls, M. C., Pihl, T. D., Pot, D. A., Raman, R., Sanbhadti, R. N., Snyder, E. E., Srinivasan, D., Walton, J., Wan, Y., Wang, Z., Issa, J. P. J., Beau, M. L., Carroll, M., Kantarjian, H., Kornblau, S., Bootwalla, M. S., Lai, P. H., Shen, H., Van Den Berg, D. J., Weisenberger, D. J., Link, D. C., Walter, M. J., Ozenberger, B. A., Mardis, E. R., Westervelt, P., Graubert, T. A., DiPersio, J. F. & Wilson, R. K. May 30 2013 In : New England Journal of Medicine. 368, 22, p. 2059-2074 16 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Acute Myeloid Leukemia
Epigenomics
Genes
Mutation
Genome
42 Citations

Impact of tumor microenvironment and epithelial phenotypes on metabolism in breast cancer

Brauer, H. A., Makowski, L., Hoadley, K. A., Casbas-Hernandez, P., Lang, L. J., Romàn-Pèrez, E., D'Arcy, M., Freemerman, A. J., Perou, C. M. & Troester, M. A. Feb 1 2013 In : Clinical Cancer Research. 19, 3, p. 571-585 15 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Tumor Microenvironment
Breast Neoplasms
Phenotype
Neoplasms
Glucose
1013 Citations

Integrated genomic characterization of endometrial carcinoma

Getz, G. , Gabriel, S. B. , Cibulskis, K. , Lander, E. , Sivachenko, A. , Sougnez, C. , Lawrence, M. , Kandoth, C. , Dooling, D. , Fulton, R. , Fulton, L. , Kalicki-Veizer, J. , McLellan, M. D. , O'Laughlin, M. , Schmidt, H. , Wilson, R. K. , Ye, K. , Li, D. , Ally, A. , Balasundaram, M. & 256 others Birol, I., Butterfield, Y. S. N., Carlsen, R., Carter, C., Chu, A., Chuah, E., Chun, H. J. E., Dhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Holt, R. A., Jones, S. J. M., Lee, D., Li, H. I., Marra, M. A., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Plettner, P., Schein, J. E., Sipahimalani, P., Tam, A., Varhol, R. J., Gordon Robertson, A., Cherniack, A. D., Pashtan, I., Saksena, G., Onofrio, R. C., Schumacher, S. E., Tabak, B., Carter, S. L., Hernandez, B., Gentry, J., Salvesen, H. B., Ardlie, K., Winckler, W., Beroukhim, R., Meyerson, M., Hadjipanayis, A., Lee, S., Mahadeshwar, H. S., Park, P., Protopopov, A., Ren, X., Seth, S., Song, X., Tang, J., Xi, R., Yang, L., Dong, Z., Kucherlapati, R., Chin, L., Zhang, J., Todd Auman, J., Balu, S., Bodenheimer, T., Buda, E., Neil Hayes, D., Hoyle, A. P., Jefferys, S. R., Jones, C. D., Meng, S., Mieczkowski, P. A., Mose, L. E., Parker, J. S., Perou, C. M., Roach, J., Yan, S., Simons, J. V., Soloway, M. G., Tan, D., Topal, M. D., Waring, S., Wu, J., Hoadley, K. A., Baylin, S. B., Bootwalla, M. S., Lai, P. H., Triche, T. J., Van Den Berg, D. J., Weisenberger, D. J., Laird, P. W., Shen, H., Cho, J., Dicara, D., Frazer, S., Heiman, D., Jing, R., Lin, P., Mallard, W., Stojanov, P., Voet, D., Zhang, H., Zou, L., Noble, M., Reynolds, S. M., Shmulevich, I., Arman Aksoy, B., Antipin, Y., Ciriello, G., Dresdner, G., Gao, J., Gross, B., Jacobsen, A., Ladanyi, M., Reva, B., Sander, C., Sinha, R., Onur Sumer, S., Taylor, B. S., Cerami, E., Weinhold, N., Schultz, N., Shen, R., Benz, S., Goldstein, T., Haussler, D., Ng, S., Szeto, C., Stuart, J., Benz, C. C., Yau, C., Zhang, W., Annala, M., Broom, B. M., Casasent, T. D., Ju, Z., Liang, H., Liu, G., Lu, Y., Unruh, A. K., Wakefield, C., Weinstein, J. N., Zhang, N., Liu, Y., Broaddus, R., Akbani, R., Mills, G. B., Adams, C., Barr, T., Black, A. D., Bowen, J., Deardurff, J., Frick, J., Gastier-Foster, J. M., Grossman, T., Harper, H. A., Hart-Kothari, M., Helsel, C., Hobensack, A., Kuck, H., Kneile, K., Leraas, K. M., Lichtenberg, T. M., McAllister, C., Pyatt, R. E., Ramirez, N. C., Tabler, T. R., Vanhoose, N., White, P., Wise, L., Zmuda, E., Barnabas, N., Berry-Green, C., Blanc, V., Boice, L., Button, M., Farkas, A., Green, A., MacKenzie, J., Nicholson, D., Kalloger, S. E., Blake Gilks, C., Karlan, B. Y., Lester, J., Orsulic, S., Borowsky, M., Cadungog, M., Czerwinski, C., Huelsenbeck-Dill, L., Iacocca, M., Petrelli, N., Rabeno, B., Witkin, G., Nemirovich-Danchenko, E., Potapova, O., Rotin, D., Berchuck, A., Birrer, M., Disaia, P., Monovich, L., Curley, E., Gardner, J., Mallery, D., Penny, R., Dowdy, S. C., Winterhoff, B., Dao, L., Gostout, B., Meuter, A., Teoman, A., Dao, F., Olvera, N., Bogomolniy, F., Garg, K., Soslow, R. A., Abramov, M., Bartlett, J. M. S., Kodeeswaran, S., Parfitt, J., Moiseenko, F., Clarke, B. A., Goodman, M. T., Carney, M. E., Matsuno, R. K., Fisher, J., Huang, M., Kimryn Rathmell, W., Thorne, L., Van Le, L., Dhir, R., Edwards, R., Elishaev, E., Zorn, K., Goodfellow, P. J., Mutch, D., Kahn, A. B., Bell, D. W., Pollock, P. M., Wang, C., Wheeler, D., Shinbrot, E., Gordon Robertson, A., Ding, L., Blake Gilks, C., Mardis, E. R., Ayala, B., Chu, A. L., Jensen, M. A., Kothiyal, P., Pihl, T. D., Pontius, J., Pot, D. A., Snyder, E. E., Srinivasan, D., Mills Shaw, K. R., Sheth, M., Davidsen, T., Eley, G., Ferguson, M. L., Yang, L., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A., Sofia, H. J., Gordon Robertson, A. & Levine, D. A. May 13 2013 In : Nature. 497, 7447, p. 67-73 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Endometrial Neoplasms
Mutation
Neoplasms
Microsatellite Instability
Chromatin Assembly and Disassembly
43 Citations
Integrated
Tumors
Genes
Decomposition
Tumor
87 Citations

Molecular Subtypes in Head and Neck Cancer Exhibit Distinct Patterns of Chromosomal Gain and Loss of Canonical Cancer Genes

Walter, V. , Yin, X. , Wilkerson, M. D. , Cabanski, C. R. , Zhao, N. , Du, Y. , Ang, M. K. , Hayward, M. C. , Salazar, A. H. , Hoadley, K. A. , Fritchie, K. , Sailey, C. G. , Weissler, M. C. , Shockley, W. W. , Zanation, A. M. , Hackman, T. , Thorne, L. B. , Funkhouser, W. D. , Muldrew, K. L. , Olshan, A. F. & 4 others Randell, S. H., Wright, F. A., Shores, C. G. & Hayes, D. N. Feb 22 2013 In : PLoS One. 8, 2, e56823

Research output: Research - peer-reviewArticle

papilloma
squamous cell carcinoma
neck
viruses
neoplasms
176 Citations

Prognostically relevant gene signatures of high-grade serous ovarian carcinoma

Verhaak, R. G. W. , Tamayo, P. , Yang, J. Y. , Hubbard, D. , Zhang, H. , Creighton, C. J. , Fereday, S. , Lawrence, M. , Carter, S. L. , Mermel, C. H. , Kostic, A. D. , Etemadmoghadam, D. , Saksena, G. , Cibulskis, K. , Duraisamy, S. , Levanon, K. , Sougnez, C. , Tsherniak, A. , Gomez, S. , Onofrio, R. & 21 others Gabriel, S., Chin, L., Zhang, N., Spellman, P. T., Zhang, Y., Akbani, R., Hoadley, K. A., Kahn, A., Köbel, M., Huntsman, D., Soslow, R. A., Defazio, A., Birrer, M. J., Gray, J. W., Weinstein, J. N., Bowtell, D. D., Drapkin, R., Mesirov, J. P., Getz, G., Levine, D. A. & Meyerson, M. Jan 2 2013 In : Journal of Clinical Investigation. 123, 1, p. 517-525 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Carcinoma
Genes
Ovarian Neoplasms
Survival
Platinum
38 Citations

The molecular diversity of Luminal A breast tumors

Ciriello, G., Sinha, R., Hoadley, K. A., Jacobsen, A. S., Reva, B., Perou, C. M., Sander, C. & Schultz, N. Oct 2013 In : Breast Cancer Research and Treatment. 141, 3, p. 409-420 12 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Mutation
Neoplasms
Therapeutics
Aurora Kinases
1019 Citations

The somatic genomic landscape of glioblastoma

Brennan, C. W. , Verhaak, R. G. W. , McKenna, A. , Campos, B. , Noushmehr, H. , Salama, S. R. , Zheng, S. , Chakravarty, D. , Sanborn, J. Z. , Berman, S. H. , Beroukhim, R. , Bernard, B. , Wu, C. J. , Genovese, G. , Shmulevich, I. , Barnholtz-Sloan, J. , Zou, L. , Vegesna, R. , Shukla, S. A. , Ciriello, G. & 237 others Yung, W. K., Zhang, W., Sougnez, C., Mikkelsen, T., Aldape, K., Bigner, D. D., Van Meir, E. G., Prados, M., Sloan, A., Black, K. L., Eschbacher, J., Finocchiaro, G., Friedman, W., Andrews, D. W., Guha, A., Iacocca, M., O'Neill, B. P., Foltz, G., Myers, J., Weisenberger, D. J., Penny, R., Kucherlapati, R., Perou, C. M., Hayes, D. N., Gibbs, R., Marra, M., Mills, G. B., Lander, E., Spellman, P., Wilson, R., Sander, C., Weinstein, J., Meyerson, M., Gabriel, S., Laird, P. W., Haussler, D., Getz, G., Chin, L., Benz, C., Barrett, W., Ostrom, Q., Wolinsky, Y., Bose, B., Boulos, P. T., Boulos, M., Brown, J., Czerinski, C., Eppley, M., Kempista, T., Kitko, T., Koyfman, Y., Rabeno, B., Rastogi, P., Sugarman, M., Swanson, P., Yalamanchii, K., Otey, I. P., Liu, Y. S., Xiao, Y., Auman, J. T., Chen, P. C., Hadjipanayis, A., Lee, E., Lee, S., Park, P. J., Seidman, J., Yang, L., Kalkanis, S., Poisson, L. M., Raghunathan, A., Scarpace, L., Bressler, R., Eakin, A., Iype, L., Kreisberg, R. B., Leinonen, K., Reynolds, S., Rovira, H., Thorsson, V., Annala, M. J., Paulauskis, J., Curley, E., Hatfield, M., Mallery, D., Morris, S., Shelton, T., Shelton, C., Sherman, M., Yena, P., Cuppini, L., DiMeco, F., Eoli, M., Maderna, E., Pollo, B., Saini, M., Balu, S., Hoadley, K. A., Li, L., Miller, C. R., Shi, Y., Topal, M. D., Wu, J., Dunn, G., Giannini, C., Aksoy, B. A., Antipin, Y., Borsu, L., Cerami, E., Gao, J., Gross, B., Jacobsen, A., Ladanyi, M., Lash, A., Liang, Y., Reva, B., Schultz, N., Shen, R., Socci, N. D., Viale, A., Ferguson, M. L., Chen, Q. R., Demchok, J. A., Dillon, L. A. L., Mills Shaw, K. R., Sheth, M., Tarnuzzer, R., Wang, Z., Yang, L., Davidsen, T., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A., Sofia, H. J., Bergsten, J., Eckman, J., Harr, J., Smith, C., Tucker, K., Winemiller, C., Zach, L. A., Ljubimova, J. Y., Eley, G., Ayala, B., Jensen, M. A., Kahn, A., Pihl, T. D., Pot, D. A., Wan, Y., Hansen, N., Hothi, P., Lin, B., Shah, N., Yoon, J. G., Lau, C., Berens, M., Ardlie, K., Carter, S. L., Cherniack, A. D., Noble, M., Cho, J., Cibulskis, K., DiCara, D., Frazer, S., Gabriel, S. B., Gehlenborg, N., Gentry, J., Heiman, D., Kim, J., Jing, R., Lander, E. S., Lawrence, M., Lin, P., Mallard, W., Onofrio, R. C., Saksena, G., Schumacher, S., Stojanov, P., Tabak, B., Voet, D., Zhang, H., Dees, N. N., Ding, L., Fulton, L. L., Fulton, R. S., Kanchi, K. L., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Baylin, S. B., Harshyne, L., Cohen, M. L., Devine, K., Sloan, A. E., Van Den Berg, S. R., Berger, M. S., Carlin, D., Craft, B., Ellrott, K., Goldman, M., Goldstein, T., Grifford, M., Ma, S., Ng, S., Stuart, J., Swatloski, T., Waltman, P., Zhu, J., Foss, R., Frentzen, B., McTiernan, R., Yachnis, A., Mao, Y., Akbani, R., Bogler, O., Fuller, G. N., Liu, W., Liu, Y., Lu, Y., Protopopov, A., Ren, X., Sun, Y., Yung, W. K. A., Zhang, J., Chen, K., Weinstein, J. N., Bootwalla, M. S., Lai, P. H., Triche, T. J., Van Den Berg, D. J., Gutmann, D. H., Lehman, N. L., Brat, D., Olson, J. J., Mastrogianakis, G. M., Devi, N. S., Zhang, Z., Lipp, E., McLendon, R. & TCGA Research Network Oct 10 2013 In : Cell. 155, 2

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioblastoma
Neoplasms
Tumors
Therapeutics
Telomerase
2012
1458 Citations

Comprehensive genomic characterization of squamous cell lung cancers

Hammerman, P. S. , Voet, D. , Lawrence, M. S. , Voet, D. , Jing, R. , Cibulskis, K. , Sivachenko, A. , Stojanov, P. , McKenna, A. , Lander, E. S. , Gabriel, S. , Getz, G. , Imielinski, M. , Helman, E. , Hernandez, B. , Pho, N. H. , Meyerson, M. , Chu, A. , Hye-Chun, J. E. , Mungall, A. J. & 320 others Pleasance, E., Robertson, A. G., Sipahimalani, P., Stoll, D., Balasundaram, M., Birol, I., Butterfield, Y. S. N., Chuah, E., Coope, R. J. N., Corbett, R., Dhalla, N., Guin, R., He, A., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, K., Nip, K. M., Olshen, A., Schein, J. E., Slobodan, J. R., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R., Zeng, T., Zhao, Y., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Saksena, G., Cherniack, A. D., Schumacher, S. E., Tabak, B., Carter, S. L., Nguyen, H., Onofrio, R. C., Crenshaw, A., Ardlie, K., Beroukhim, R., Winckler, W., Protopopov, A., Zhang, J., Hadjipanayis, A., Lee, S., Xi, R., Yang, L., Ren, X., Zhang, H., Shukla, S., Chen, P. C., Haseley, P., Lee, E., Chin, L., Park, P. J., Kucherlapati, R., Socci, N. D., Liang, Y., Schultz, N., Borsu, L., Lash, A. E., Viale, A., Sander, C., Ladanyi, M., Auman, J. T., Hoadley, K. A., Wilkerson, M. D., Shi, Y., Liquori, C., Meng, S., Li, L., Turman, Y. J., Topal, M. D., Tan, D., Waring, S., Buda, E., Walsh, J., Jones, C. D., Mieczkowski, P. A., Singh, D., Wu, J., Gulabani, A., Dolina, P., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M. G., Stuart, J., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Balu, S., O'Connor, B. D., Chiang, D., Liu, J., Chiang, D. Y., Hayes, D. N., Perou, C. M., Cope, L., Weisenberger, D., Danilova, L., Weisenberger, D. J., Maglinte, D. T., Pan, F., Van Den Berg, D. J., Triche, T., Herman, J. G., Baylin, S. B., Laird, P. W., Noble, M., Gehlenborg, N., DiCara, D., Zhang, J., Wu, C. J., Liu, S. Y., Zou, L., Lin, P., Cho, J., Nazaire, M. D., Robinson, J., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J., Sinha, R., Ciriello, G., Cerami, E., Gross, B., Jacobsen, A., Gao, J., Aksoy, B. A., Weinhold, N., Ramirez, R., Taylor, B. S., Antipin, Y., Reva, B., Mo, Q., Seshan, V., Paik, P. K., Akbani, R., Zhang, N., Broom, B. M., Casasent, T., Unruh, A., Wakefield, C., Cason, R. C., Baggerly, K. A., Weinstein, J. N., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Zhu, J., Szeto, C., Scott, G. K., Yau, C., Ng, S., Goldstein, T., Waltman, P., Sokolov, A., Collisson, E., Ellrott, K., Collisson, E. A., Zerbino, D., Ma, S., Craft, B., Du, Y., Cabanski, C., Walter, V., Marron, J. S., Liu, Y., Wang, K., Prins, J. F., Creighton, C. J., Zhang, Y., Travis, W. D., Rekhtman, N., Yi, J., Aubry, M. C., Cheney, R., Dacic, S., Flieder, D., Funkhouser, W., Illei, P., Myers, J., Tsao, M. S., Penny, R., Mallery, D., Shelton, T., Hatfield, M., Morris, S., Yena, P., Shelton, C., Sherman, M., Paulauskis, J., Govindan, R., Azodo, I., Beer, D., Bose, R., Byers, L. A., Carbone, D., Chang, L. W., Chun, E., Ding, L., Heymach, J., Ida, C., Johnson, B., Jurisica, I., Kaufman, J., Kosari, F., Kwiatkowski, D., Maher, C. A., Mungall, A., Pao, W., Peifer, M., Robertson, G., Rusch, V., Siegfried, J., Sougnez, C., Thomas, R. K., Tomaszek, S., Vaske, C., Wheeler, D., Wigle, D. A., Wilks, C., Zhang, J. J., Jensen, M. A., Sfeir, R., Kahn, A. B., Chu, A. L., Kothiyal, P., Wang, Z., Snyder, E. E., Pontius, J., Pihl, T. D., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Baboud, J., Berton, D. L., Nicholls, M. C., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P. A., Alonso, S., Sanbhadti, R. N., Barletta, S. P., Greene, J. M., Pot, D. A., Bandarchi-Chamkhaleh, B., Boyd, J., Weaver, J., Azodo, I. A., Tomaszek, S. C., Aubry, M. C., Ida, C. M., Yang, P., Brock, M. V., Rogers, K., Rutledge, M., Brown, T., Lee, B., Shin, J., Trusty, D., Dhir, R., Siegfried, J. M., Potapova, O., Fedosenko, K. V., Nemirovich-Danchenko, E., Zakowski, M., Iacocca, M. V., Brown, J., Rabeno, B., Czerwinski, C., Petrelli, N., Fan, Z., Todaro, N., Eckman, J., Rathmell, W. K., Thorne, L. B., Huang, M., Boice, L., Hill, A., Curley, E., Morrison, C., Gaudioso, C., Bartlett, J. M. S., Kodeeswaran, S., Zanke, B., Sekhon, H., David, K., Juhl, H., Le, X. V., Kohl, B., Thorp, R., Tien, N. V., Bang, N. V., Sussman, H., Phu, B. D., Hajek, R., Hung, N. P., Khan, K. Z., Muley, T., Mills Shaw, K. R., Sheth, M., Yang, L., Buetow, K., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Ferguson, M., Dillon, L. A. L., Schaefer, C., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A., Palchik, J. D., Peterson, J., Sofia, H. J., Thomson, E., Johnson, B. E. & Shen, R. Sep 27 2012 In : Nature. 489, 7417, p. 519-525 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Squamous Cell Neoplasms
Lung Neoplasms
Neoplasms
Mutation
Genes
2576 Citations

Comprehensive molecular characterization of human colon and rectal cancer

Muzny, D. M. , Bainbridge, M. N. , Chang, K. , Dinh, H. H. , Drummond, J. A. , Fowler, G. , Kovar, C. L. , Lewis, L. R. , Morgan, M. B. , Newsham, I. F. , Reid, J. G. , Santibanez, J. , Shinbrot, E. , Trevino, L. R. , Wu, Y. Q. , Wang, M. , Gunaratne, P. , Donehower, L. A. , Creighton, C. J. , Wheeler, D. A. & 293 others Gibbs, R. A., Lawrence, M. S., Voet, D., Jing, R., Cibulskis, K., Sivachenko, A., Stojanov, P., McKenna, A., Lander, E. S., Gabriel, S., Ding, L., Fulton, R. S., Koboldt, D. C., Wylie, T., Walker, J., Dooling, D. J., Fulton, L., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Demeter, R., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Chu, A., Chun, H. J. E., Mungall, A. J., Pleasance, E., Gordon Robertson, A., Stoll, D., Balasundaram, M., Birol, I., Butterfield, Y. S. N., Chuah, E., Coope, R. J. N., Dhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Schein, J. E., Slobodan, J. R., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R., Zeng, T., Zhao, Y., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Bass, A. J., Ramos, A. H., Saksena, G., Cherniack, A. D., Schumacher, S. E., Tabak, B., Carter, S. L., Pho, N. H., Nguyen, H., Onofrio, R. C., Crenshaw, A., Ardlie, K., Beroukhim, R., Winckler, W., Meyerson, M., Protopopov, A., Hadjipanayis, A., Lee, E., Xi, R., Yang, L., Ren, X., Sathiamoorthy, N., Chen, P. C., Haseley, P., Xiao, Y., Lee, S., Seidman, J., Chin, L., Park, P. J., Kucherlapati, R., Todd Auman, J., Hoadley, K. A., Du, Y., Wilkerson, M. D., Shi, Y., Liquori, C., Meng, S., Li, L., Turman, Y. J., Topal, M. D., Tan, D., Waring, S., Buda, E., Walsh, J., Jones, C. D., Mieczkowski, P. A., Singh, D., Wu, J., Gulabani, A., Dolina, P., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Balu, S., O'Connor, B. D., Prins, J. F., Chiang, D. Y., Neil Hayes, D., Perou, C. M., Hinoue, T., Weisenberger, D. J., Maglinte, D. T., Pan, F., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Shen, H., Triche, T., Baylin, S. B., Laird, P. W., Getz, G., Noble, M., Voat, D., Gehlenborg, N., Dicara, D., Zhang, J., Zhang, H., Wu, C. J., Liu, S. Y., Shukla, S., Zhou, L., Lin, P., Park, R. W., Nazaire, M. D., Robinson, J., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J., Thorsson, V., Reynolds, S. M., Bernard, B., Kreisberg, R., Lin, J., Iype, L., Bressler, R., Erkkilä, T., Gundapuneni, M., Liu, Y., Norberg, A., Robinson, T., Yang, D., Zhang, W., Shmulevich, I., De Ronde, J. J., Schultz, N., Cerami, E., Ciriello, G., Goldberg, A. P., Gross, B., Jacobsen, A., Gao, J., Kaczkowski, B., Sinha, R., Arman Aksoy, B., Antipin, Y., Reva, B., Shen, R., Taylor, B. S., Ladanyi, M., Sander, C., Akbani, R., Zhang, N., Broom, B. M., Casasent, T., Unruh, A., Wakefield, C., Hamilton, S. R., Craig Cason, R., Baggerly, K. A., Weinstein, J. N., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Zachary Sanborn, J., Vaske, C. J., Zhu, J., Szeto, C., Scott, G. K., Yau, C., Ng, S., Goldstein, T., Ellrott, K., Collisson, E., Cozen, A. E., Zerbino, D., Wilks, C., Craft, B., Spellman, P., Penny, R., Shelton, T., Hatfield, M., Morris, S., Yena, P., Shelton, C., Sherman, M., Paulauskis, J., Gastier-Foster, J. M., Bowen, J., Ramirez, N. C., Black, A., Pyatt, R., Wise, L., White, P., Bertagnolli, M., Brown, J., Chan, T. A., Chu, G. C., Czerwinski, C., Denstman, F., Dhir, R., Dörner, A., Fuchs, C. S., Guillem, J. G., Iacocca, M., Juhl, H., Kaufman, A., Iii, B. K., Van Le, X., Mariano, M. C., Medina, E. N., Meyers, M., Nash, G. M., Paty, P. B., Petrelli, N., Rabeno, B., Richards, W. G., Solit, D., Swanson, P., Temple, L., Tepper, J. E., Thorp, R., Vakiani, E., Weiser, M. R., Willis, J. E., Witkin, G., Zeng, Z., Zinner, M. J., Zornig, C., Jensen, M. A., Sfeir, R., Kahn, A. B., Chu, A. L., Kothiyal, P., Wang, Z., Snyder, E. E., Pontius, J., Pihl, T. D., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Whitmore, J., Baboud, J., Berton, D. L., Nicholls, M. C., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P. A., Alonso, S., Sanbhadti, R. N., Barletta, S. P., Greene, J. M., Pot, D. A., Shaw, K. R. M., Dillon, L. A. L., Buetow, K., Davidsen, T., Demchok, J. A., Eley, G., Ferguson, M., Fielding, P., Schaefer, C., Sheth, M., Yang, L., Guyer, M. S., Ozenberger, B. A., Palchik, J. D., Peterson, J., Sofia, H. J. & Thomson., E. Jul 19 2012 In : Nature. 487, 7407, p. 330-337 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Rectal Neoplasms
Colonic Neoplasms
Colorectal Neoplasms
Mutation
Genome
3690 Citations

Comprehensive molecular portraits of human breast tumours

Koboldt, D. C. , Fulton, R. S. , McLellan, M. D. , Schmidt, H. , Kalicki-Veizer, J. , McMichael, J. F. , Fulton, L. L. , Dooling, D. J. , Ding, L. , Mardis, E. R. , Wilson, R. K. , Ally, A. , Balasundaram, M. , Butterfield, Y. S. N. , Carlsen, R. , Carter, C. , Chu, A. , Chuah, E. , Chun, H. J. E. , Coope, R. J. N. & 323 others Dhalla, N., Guin, R., Hirst, C., Hirst, M., Holt, R. A., Lee, D., Li, H. I., Mayo, M., Moore, R. A., Mungall, A. J., Pleasance, E., Robertson, A. G., Schein, J. E., Shafiei, A., Sipahimalani, P., Slobodan, J. R., Stoll, D., Tam, A., Thiessen, N., Varhol, R. J., Wye, N., Zeng, T., Zhao, Y., Birol, I., Jones, S. J. M., Marra, M. A., Cherniack, A. D., Saksena, G., Onofrio, R. C., Pho, N. H., Carter, S. L., Schumacher, S. E., Tabak, B., Hernandez, B., Gentry, J., Nguyen, H., Crenshaw, A., Ardlie, K., Beroukhim, R., Winckler, W., Getz, G., Gabriel, S. B., Meyerson, M., Chin, L., Kucherlapati, R., Hoadley, K. A., Auman, J. T., Fan, C., Turman, Y. J., Shi, Y., Li, L., Topal, M. D., He, X., Chao, H. H., Prat, A., Silva, G. O., Iglesia, M. D., Zhao, W., Usary, J., Berg, J. S., Adams, M., Booker, J., Wu, J., Gulabani, A., Bodenheimer, T., Hoyle, A. P., Simons, J. V., Soloway, M. G., Mose, L. E., Jefferys, S. R., Balu, S., Parker, J. S., Hayes, D. N., Perou, C. M., Malik, S., Mahurkar, S., Shen, H., Weisenberger, D. J., Triche, T., Lai, P. H., Bootwalla, M. S., Maglinte, D. T., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Baylin, S. B., Laird, P. W., Creighton, C. J., Donehower, L. A., Noble, M., Voet, D., Gehlenborg, N., Di Cara, D., Zhang, J., Zhang, H., Wu, C. J., Yingchun Liu, S., Lawrence, M. S., Zou, L., Sivachenko, A., Lin, P., Stojanov, P., Jing, R., Cho, J., Sinha, R., Park, R. W., Nazaire, M. D., Robinson, J., Thorvaldsdottir, H., Mesirov, J., Park, P. J., Reynolds, S., Kreisberg, R. B., Bernard, B., Bressler, R., Erkkila, T., Lin, J., Thorsson, V., Zhang, W., Shmulevich, I., Ciriello, G., Weinhold, N., Schultz, N., Gao, J., Cerami, E., Gross, B., Jacobsen, A., Sinha, R., Aksoy, B. A., Antipin, Y., Reva, B., Shen, R., Taylor, B. S., Ladanyi, M., Sander, C., Anur, P., Spellman, P. T., Lu, Y., Liu, W., Verhaak, R. R. G., Mills, G. B., Akbani, R., Zhang, N., Broom, B. M., Casasent, T. D., Wakefield, C., Unruh, A. K., Baggerly, K., Coombes, K., Weinstein, J. N., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Zhu, J., Szeto, C. C., Scott, G. K., Yau, C., Paull, E. O., Carlin, D., Wong, C., Sokolov, A., Thusberg, J., Mooney, S., Ng, S., Goldstein, T. C., Ellrott, K., Grifford, M., Wilks, C., Ma, S., Craft, B., Yan, C., Hu, Y., Meerzaman, D., Gastier-Foster, J. M., Bowen, J., Ramirez, N. C., Black, A. D., Pyatt, R. E., White, P., Zmuda, E. J., Frick, J., Lichtenberg, T. M., Brookens, R., George, M. M., Gerken, M. A., Harper, H. A., Leraas, K. M., Wise, L. J., Tabler, T. R., McAllister, C., Barr, T., Hart-Kothari, M., Tarvin, K., Saller, C., Sandusky, G., Mitchell, C., Iacocca, M. V., Brown, J., Rabeno, B., Czerwinski, C., Petrelli, N., Dolzhansky, O., Abramov, M., Voronina, O., Potapova, O., Marks, J. R., Suchorska, W. M., Murawa, D., Kycler, W., Ibbs, M., Korski, K., Spychała, A., Murawa, P., Brzeziński, J. J., Perz, H., Łaźniak, R., Teresiak, M., Tatka, H., Leporowska, E., Bogusz-Czerniewicz, M., Malicki, J., Mackiewicz, A., Wiznerowicz, M., Van Le, X., Kohl, B., Viet Tien, N., Thorp, R., Van Bang, N., Sussman, H., Phu, B. D., Hajek, R., Hung, N. P., Phuong, T. V. T., Thang, H. Q., Khan, K. Z., Penny, R., Mallery, D., Curley, E., Shelton, C., Yena, P., Ingle, J. N., Couch, F. J., Lingle, W. L., King, T. A., Gonzalez-Angulo, A. M., Dyer, M. D., Liu, S., Meng, X., Patangan, M., Waldman, F., Stöppler, H., Rathmell, W. K., Thorne, L., Huang, M., Boice, L., Hill, A., Morrison, C., Gaudioso, C., Bshara, W., Daily, K., Egea, S. C., Pegram, M. D., Gomez-Fernandez, C., Dhir, R., Bhargava, R., Brufsky, A., Shriver, C. D., Hooke, J. A., Campbell, J. L., Mural, R. J., Hu, H., Somiari, S., Larson, C., Deyarmin, B., Kvecher, L., Kovatich, A. J., Ellis, M. J., Stricker, T., White, K., Olopade, O., Luo, C., Chen, Y., Bose, R., Chang, L. W., Beck, A. H., Pihl, T., Jensen, M., Sfeir, R., Kahn, A., Chu, A., Kothiyal, P., Wang, Z., Snyder, E., Pontius, J., Ayala, B., Backus, M., Walton, J., Baboud, J., Berton, D., Nicholls, M., Srinivasan, D., Raman, R., Girshik, S., Kigonya, P., Alonso, S., Sanbhadti, R., Barletta, S., Pot, D., Sheth, M., Demchok, J. A., Shaw, K. R. M., Yang, L., Eley, G., Ferguson, M. L., Tarnuzzer, R. W., Zhang, J., Dillon, L. A. L., Buetow, K., Fielding, P., Ozenberger, B. A., Guyer, M. S., Sofia, H. J. & Palchik, J. D. Oct 4 2012 In : Nature. 490, 7418, p. 61-70 10 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Mutation
Exome
Protein Array Analysis
p53 Genes
277 Citations

Dynamic reprogramming of the kinome in response to targeted MEK inhibition in triple-negative breast cancer

Duncan, J. S. , Whittle, M. C. , Nakamura, K. , Abell, A. N. , Midland, A. A. , Zawistowski, J. S. , Johnson, N. L. , Granger, D. A. , Jordan, N. V. , Darr, D. B. , Usary, J. , Kuan, P. F. , Smalley, D. M. , Major, B. , He, X. , Hoadley, K. A. , Zhou, B. , Sharpless, N. E. , Perou, C. M. , Kim, W. Y. & 7 others Gomez, S. M., Chen, X., Jin, J., Frye, S. V., Earp, H. S., Graves, L. M. & Johnson, G. L. Apr 13 2012 In : Cell. 149, 2, p. 307-321 15 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Triple Negative Breast Neoplasms
Mitogen-Activated Protein Kinase Kinases
Receptor Protein-Tyrosine Kinases
Neoplasms
Drug Resistance
82 Citations

MiR-181d: Predictive glioblastoma biomarker that downregulates MGMT expression

Zhang, W., Zhang, J., Hoadley, K., Kushwaha, D., Ramakrishnan, V., Li, S., Kang, C., You, Y., Jiang, C., Song, S. W., Jiang, T. & Chen, C. C. Jun 2012 In : Neuro-Oncology. 14, 6, p. 712-719 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Guanine
Glioblastoma
Transferases
Down-Regulation
Biomarkers
215 Citations

TBCRC 001: Randomized phase II study of cetuximab in combination with carboplatin in stage IV triple-negative breast cancer

Carey, L. A., Rugo, H. S., Marcom, P. K., Mayer, E. L., Esteva, F. J., Ma, C. X., Liu, M. C., Storniolo, A. M., Rimawi, M. F., Forero-Torres, A., Wolff, A. C., Hobday, T. J., Ivanova, A., Chiu, W. K., Ferraro, M., Burrows, E., Bernard, P. S., Hoadley, K. A., Perou, C. M. & Winer, E. P. Jul 20 2012 In : Journal of Clinical Oncology. 30, 21, p. 2615-2623 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Triple Negative Breast Neoplasms
Carboplatin
Cetuximab
Epidermal Growth Factor Receptor
Therapeutics
2011
2704 Citations

Integrated genomic analyses of ovarian carcinoma

Bell, D. , Berchuck, A. , Birrer, M. , Chien, J. , Cramer, D. W. , Dao, F. , Dhir, R. , Disaia, P. , Gabra, H. , Glenn, P. , Godwin, A. K. , Gross, J. , Hartmann, L. , Huang, M. , Huntsman, D. G. , Iacocca, M. , Imielinski, M. , Kalloger, S. , Karlan, B. Y. , Levine, D. A. & 276 others Mills, G. B., Morrison, C., Mutch, D., Olvera, N., Orsulic, S., Park, K., Petrelli, N., Rabeno, B., Rader, J. S., Sikic, B. I., Smith-Mccune, K., Sood, A. K., Bowtell, D., Penny, R., Testa, J. R., Chang, K., Dinh, H. H., Drummond, J. A., Fowler, G., Gunaratne, P., Hawes, A. C., Kovar, C. L., Lewis, L. R., Morgan, M. B., Newsham, I. F., Santibanez, J., Reid, J. G., Trevino, L. R., Wu, Y. Q., Wang, M., Muzny, D. M., Wheeler, D. A., Gibbs, R. A., Getz, G., Lawrence, M. S., Cibulskis, K., Sivachenko, A. Y., Sougnez, C., Voet, D., Wilkinson, J., Bloom, T., Ardlie, K., Fennell, T., Baldwin, J., Gabriel, S., Lander, E. S., Ding, L., Fulton, R. S., Koboldt, D. C., McLellan, M. D., Wylie, T., Walker, J., O'Laughlin, M., Dooling, D. J., Fulton, L., Abbott, R., Dees, N. D., Zhang, Q., Kandoth, C., Wendl, M., Schierding, W., Shen, D., Harris, C. C., Schmidt, H., Kalicki, J., Delehaunty, K. D., Fronick, C. C., Demeter, R., Cook, L., Wallis, J. W., Lin, L., Magrini, V. J., Hodges, J. S., Eldred, J. M., Smith, S. M., Pohl, C. S., Vandin, F., Raphael, B. J., Weinstock, G. M., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Meyerson, M., Winckler, W., Getz, G., Verhaak, R. G. W., Carter, S. L., Mermel, C. H., Saksena, G., Nguyen, H., Onofrio, R. C., Lawrence, M. S., Hubbard, D., Gupta, S., Crenshaw, A., Ramos, A. H., Ardlie, K., Chin, L., Protopopov, A., Zhang, J., Kim, T. M., Perna, I., Xiao, Y., Zhang, H., Ren, G., Sathiamoorthy, N., Park, R. W., Lee, E., Park, P. J., Kucherlapati, R., Absher, D. M., Waite, L., Sherlock, G., Brooks, J. D., Li, J. Z., Xu, J., Myers, R. M., Laird, P. W., Cope, L., Herman, J. G., Shen, H., Weisenberger, D. J., Noushmehr, H., Pan, F., Triche, T., Berman, B. P., Van Den Berg, D. J., Buckley, J., Baylin, S. B., Spellman, P. T., Purdom, E., Neuvial, P., Bengtsson, H., Jakkula, L. R., Durinck, S., Han, J., Dorton, S., Marr, H., Choi, Y. G., Wang, V., Wang, N. J., Ngai, J., Conboy, J. G., Parvin, B., Feiler, H. S., Speed, T. P., Gray, J. W., Levine, D. A., Socci, N. D., Liang, Y., Taylor, B. S., Schultz, N., Borsu, L., Lash, A. E., Brennan, C., Viale, A., Sander, C., Ladanyi, M., Hoadley, K. A., Meng, S., Du, Y., Shi, Y., Li, L., Turman, Y. J., Zang, D., Helms, E. B., Balu, S., Zhou, X., Wu, J., Topal, M. D., Hayes, D. N., Perou, C. M., Getz, G., Voet, D., Saksena, G., Zhang, J., Zhang, H., Wu, C. J., Shukla, S., Cibulskis, K., Lawrence, M. S., Sivachenko, A., Jing, R., Park, R. W., Liu, Y., Park, P. J., Noble, M., Chin, L., Carter, H., Kim, D., Karchin, R., Spellman, P. T., Purdom, E., Neuvial, P., Bengtsson, H., Durinck, S., Han, J., Korkola, J. E., Heiser, L. M., Cho, R. J., Hu, Z., Parvin, B., Speed, T. P., Gray, J. W., Cerami, E., Taylor, B. S., Olshen, A., Reva, B., Antipin, Y., Shen, R., Mankoo, P., Sheridan, R., Ciriello, G., Chang, W. K., Bernanke, J. A., Borsu, L., Levine, D. A., Ladanyi, M., Sander, C., Haussler, D., Benz, C. C., Stuart, J. M., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Vaske, C. J., Zhu, J., Szeto, C., Scott, G. K., Yau, C., Hoadley, K. A., Du, Y., Balu, S., Hayes, D. N., Perou, C. M., Wilkerson, M. D., Zhang, N., Akbani, R., Baggerly, K. A., Yung, W. K., Mills, G. B., Weinstein, J. N., Penny, R., Shelton, T., Grimm, D., Hatfield, M., Morris, S., Yena, P., Rhodes, P., Sherman, M., Paulauskis, J., Millis, S., Kahn, A., Greene, J. M., Sfeir, R., Jensen, M. A., Chen, J., Whitmore, J., Alonso, S., Jordan, J., Chu, A., Zhang, J., Barker, A., Compton, C., Eley, G., Ferguson, M., Fielding, P., Gerhard, D. S., Myles, R., Schaefer, C., Mills Shaw, K. R., Vaught, J., Vockley, J. B., Good, P. J., Guyer, M. S., Ozenberger, B., Peterson, J. & Thomson, E. Jun 30 2011 In : Nature. 474, 7353, p. 609-615 7 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Carcinoma
Neoplasms
Ovarian Neoplasms
Genes
MicroRNAs
2010
1107 Citations

Identification of a CpG Island Methylator Phenotype that Defines a Distinct Subgroup of Glioma

Noushmehr, H. , Weisenberger, D. J. , Diefes, K. , Phillips, H. S. , Pujara, K. , Berman, B. P. , Pan, F. , Pelloski, C. E. , Sulman, E. P. , Bhat, K. P. , Verhaak, R. G. W. , Hoadley, K. A. , Hayes, D. N. , Perou, C. M. , Schmidt, H. K. , Ding, L. , Wilson, R. K. , Van Den Berg, D. , Shen, H. , Bengtsson, H. & 7 others Neuvial, P., Cope, L. M., Buckley, J., Herman, J. G., Baylin, S. B., Laird, P. W. & Aldape, K. May 18 2010 In : Cancer Cell. 17, 5, p. 510-522 13 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

CpG Islands
Glioma
Phenotype
Neoplasms
Atlases
2575 Citations

Integrated Genomic Analysis Identifies Clinically Relevant Subtypes of Glioblastoma Characterized by Abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1

Verhaak, R. G. W. , Hoadley, K. A. , Purdom, E. , Wang, V. , Qi, Y. , Wilkerson, M. D. , Miller, C. R. , Ding, L. , Golub, T. , Mesirov, J. P. , Alexe, G. , Lawrence, M. , O'Kelly, M. , Tamayo, P. , Weir, B. A. , Gabriel, S. , Winckler, W. , Gupta, S. , Jakkula, L. , Feiler, H. S. & 13 others Hodgson, J. G., James, C. D., Sarkaria, J. N., Brennan, C., Kahn, A., Spellman, P. T., Wilson, R. K., Speed, T. P., Gray, J. W., Meyerson, M., Getz, G., Perou, C. M. & Hayes, D. N. Jan 19 2010 In : Cancer Cell. 17, 1, p. 98-110 13 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioblastoma
Gene Expression
Atlases
Genome
Mutation
96 Citations

Lung squamous cell carcinoma mRNA expression subtypes are reproducible, clinically important, and correspond to normal cell types

Wilkerson, M. D., Yin, X., Hoadley, K. A., Liu, Y., Hayward, M. C., Cabanski, C. R., Muldrew, K., Miller, C. R., Randell, S. H., Socinski, M. A., Parsons, A. M., Funkhouser, W. K., Lee, C. B., Roberts, P. J., Thorne, L., Bernard, P. S., Perou, C. M. & Hayes, D. N. Oct 1 2010 In : Clinical Cancer Research. 16, 19, p. 4864-4875 12 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Squamous Cell Carcinoma
Lung
Messenger RNA
Survival
Biological Phenomena
27 Citations

Potential tumor suppressor role for the c-Myb oncogene in luminal breast cancer

Thorner, A. R., Parker, J. S., Hoadley, K. A. & Perou, C. M. 2010 In : PLoS One. 5, 10, e13073

Research output: Research - peer-reviewArticle

oncogenes
breast neoplasms
neoplasms
myb Genes
Breast Neoplasms
40 Citations

Targeting EGFR induced oxidative stress by PARP1 inhibition in glioblastoma therapy

Nitta, M., Kozono, D., Kennedy, R., Stommel, J., Ng, K., Zinn, P. O., Kushwaha, D., Kesari, S., Furnari, F., Hoadley, K. A., Chin, L., Depinho, R. A., Cavenee, W. K., D'Andrea, A. & Chen, C. C. 2010 In : PLoS One. 5, 5, e10767

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioblastoma
Epidermal Growth Factor Receptor
Oxidative Stress
Therapeutics
Poly (ADP-Ribose) Polymerase-1
2009
48 Citations

An integration of complementary strategies for gene-expression analysis to reveal novel therapeutic opportunities for breast cancer

Bild, A. H., Parker, J. S., Gustafson, A. M., Acharya, C. R., Hoadley, K. A., Anders, C., Marcom, P. K., Carey, L. A., Potti, A., Nevins, J. R. & Perou, C. M. Jul 28 2009 In : Breast Cancer Research. 11, 4, R55

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Gene Expression
Therapeutics
Phenotype
Drug Therapy
47 Citations

In vitro and in vivo analysis of B-Myb in basal-like breast cancer

Thorner, A. R., Hoadley, K. A., Parker, J. S., Winkel, S., Millikan, R. C. & Perou, C. M. Feb 5 2009 In : Oncogene. 28, 5, p. 742-751 10 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
In Vitro Techniques
Breast
Topoisomerase Inhibitors
Microarray Analysis
2008
3709 Citations

Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways

McLendon, R. , Friedman, A. , Bigner, D. , Van Meir, E. G. , Brat, D. J. , Mastrogianakis, G. M. , Olson, J. J. , Mikkelsen, T. , Lehman, N. , Aldape, K. , Yung, W. K. A. , Bogler, O. , Weinstein, J. N. , VandenBerg, S. , Berger, M. , Prados, M. , Muzny, D. , Morgan, M. , Scherer, S. , Sabo, A. & 211 others Nazareth, L., Lewis, L., Hall, O., Zhu, Y., Ren, Y., Alvi, O., Yao, J., Hawes, A., Jhangiani, S., Fowler, G., San Lucas, A., Kovar, C., Cree, A., Dinh, H., Santibanez, J., Joshi, V., Gonzalez-Garay, M. L., Miller, C. A., Milosavljevic, A., Donehower, L., Wheeler, D. A., Gibbs, R. A., Cibulskis, K., Sougnez, C., Fennell, T., Mahan, S., Wilkinson, J., Ziaugra, L., Onofrio, R., Bloom, T., Nicol, R., Ardlie, K., Baldwin, J., Gabriel, S., Lander, E. S., Ding, L., Fulton, R. S., McLellan, M. D., Wallis, J., Larson, D. E., Shi, X., Abbott, R., Fulton, L., Chen, K., Koboldt, D. C., Wendl, M. C., Meyer, R., Tang, Y., Lin, L., Osborne, J. R., Dunford-Shore, B. H., Miner, T. L., Delehaunty, K., Markovic, C., Swift, G., Courtney, W., Pohl, C., Abbott, S., Hawkins, A., Leong, S., Haipek, C., Schmidt, H., Wiechert, M., Vickery, T., Scott, S., Dooling, D. J., Chinwalla, A., Weinstock, G. M., Mardis, E. R., Wilson, R. K., Getz, G., Winckler, W., Verhaak, R. G. W., Lawrence, M. S., O'Kelly, M., Robinson, J., Alexe, G., Beroukhim, R., Carter, S., Chiang, D., Gould, J., Gupta, S., Korn, J., Mermel, C., Mesirov, J., Monti, S., Nguyen, H., Parkin, M., Reich, M., Stransky, N., Weir, B. A., Garraway, L., Golub, T., Meyerson, M., Chin, L., Protopopov, A., Zhang, J., Perna, I., Aronson, S., Sathiamoorthy, N., Ren, G., Yao, J., Wiedemeyer, W. R., Kim, H., Sek, W. K., Xiao, Y., Kohane, I. S., Seidman, J., Park, P. J., Kucherlapati, R., Laird, P. W., Cope, L., Herman, J. G., Weisenberger, D. J., Pan, F., Van Den Berg, D., Van Neste, L., Joo, M. Y., Schuebel, K. E., Baylin, S. B., Absher, D. M., Li, J. Z., Southwick, A., Brady, S., Aggarwal, A., Chung, T., Sherlock, G., Brooks, J. D., Myers, R. M., Spellman, P. T., Purdom, E., Jakkula, L. R., Lapuk, A. V., Marr, H., Dorton, S., Yoon, G. C., Han, J., Ray, A., Wang, V., Durinck, S., Robinson, M., Wang, N. J., Vranizan, K., Peng, V., Van Name, E., Fontenay, G. V., Ngai, J., Conboy, J. G., Parvin, B., Feiler, H. S., Speed, T. P., Gray, J. W., Brennan, C., Socci, N. D., Olshen, A., Taylor, B. S., Lash, A., Schultz, N., Reva, B., Antipin, Y., Stukalov, A., Gross, B., Cerami, E., Wei, Q. W., Qin, L. X., Seshan, V. E., Villafania, L., Cavatore, M., Borsu, L., Viale, A., Gerald, W., Sander, C., Ladanyi, M., Perou, C. M., Hayes, D. N., Topal, M. D., Hoadley, K. A., Qi, Y., Balu, S., Shi, Y., Wu, J., Penny, R., Bittner, M., Shelton, T., Lenkiewicz, E., Morris, S., Beasley, D., Sanders, S., Kahn, A., Sfeir, R., Chen, J., Nassau, D., Feng, L., Hickey, E., Barker, A., Gerhard, D. S., Vockley, J., Compton, C., Vaught, J., Fielding, P., Ferguson, M. L., Schaefer, C., Zhang, J., Madhavan, S., Buetow, K. H., Collins, F., Good, P., Guyer, M., Ozenberger, B., Peterson, J. & Thomson, E. Oct 23 2008 In : Nature. 455, 7216, p. 1061-1068 8 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Glioblastoma
Genes
Neoplasms
Atlases
DNA Methylation
2007
37 Citations

Development of an immuno tandem mass spectrometry (iMALDI) assay for EGFR diagnosis

Jiang, J., Parker, C. E., Hoadley, K. A., Perou, C. M., Boysen, G. & Borchers, C. H. Dec 2007 In : Proteomics - Clinical Applications. 1, 12, p. 1651-1659 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Epidermal Growth Factor Receptor
Mass spectrometry
Assays
Peptides
Tandem Mass Spectrometry
196 Citations

EGFR associated expression profiles vary with breast tumor subtype

Hoadley, K. A., Weigman, V. J., Fan, C., Sawyer, L. R., He, X., Troester, M. A., Sartor, C. I., Rieger-House, T., Bernard, P. S., Carey, L. A. & Perou, C. M. Jul 31 2007 In : BMC Genomics. 8, 258

Research output: Research - peer-reviewArticle

Breast Neoplasms
Cell Line
Neoplasms
Breast
Carboplatin
114 Citations

RNA expression analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tumors

Penland, S. K., Keku, T. O., Torrice, C., He, X., Krishnamurthy, J., Hoadley, K. A., Woosley, J. T., Thomas, N. E., Perou, C. M., Sandler, R. S. & Sharpless, N. E. Apr 12 2007 In : Laboratory Investigation. 87, 4, p. 383-391 9 p.

Research output: Research - peer-reviewArticle

Paraffin
Formaldehyde
RNA
Neoplasms
Microarray Analysis